Solo Personale Autorizzato 1^ e 2^ Parte
Sydney, Vaughn, Jack e Dixon sono stupiti dalla scelta del loro nuovo capo da parte della direttrice della CIA Hayden Chase. Formeranno una nuova divisione, una sorta di S-D 6 dei "buoni".
Sydney e Vaughn sembrano potersi riconciliare anche se il passato ha lasciato ferite per entrambi; Vaughn ha ucciso Lauren ed incendiato la sua casa... Syd ha scoperto che suo padre ha qualcosa a che fare con il suo passato di inganni e misteri... Sloane, che è il responsabile del APO (Only Authorized Person) manda in missione Syd proprio con Jack per trovare un samurai dei giorni nostri.
Nadia, sorellastra di Sydney, è riluttante a tornare allo spionaggio dopo aver scoperto la verità su suo padre Arvin Sloane; Sarà Vaughn a convincerla a tornare per salvare la vita della sua sorellastra. Infatti Sydney è stata catturata dal samurai che la tortura e la sta per uccidere. Syd scopre che il samurai la uccide su incarico, parla infatti di un contratto stipulato fra lui ed una misteriosa persona. Nadia giunge a soccorrere Syd, la salva dalle grinfie dei suoi persecutori ma è Syd che in un drammatico scontro finale uccide con la spada il Samurai.. egli sta per morire ma con un filo di voce dice a Sydney che ad incaricarlo di ucciderla è stata sua madre, Irina. In un drammatico faccia a faccia Syd parla con Jack ed i due sembrano potersi finalmente chiarire.
La prima missione del nuovo nucleo operativo ha avuto successo: ma molti misteri restano da scoprire.