좀비에게 습격당한 것으로 추정되는 여성 변사체 발견, 개와 비슷한 몬스터의 출현이 잇다른다.

 라쿤 시티 교외의 양옥에서 BIO HAZARD 발생.

 엽기적인 살인 사건을 해결하고자 라쿤 시경의 특수 공작 부대인 S.T.A.R.S 브라보 팀이 투입되지만, 그들이 탔던 헬리콥터는 출동 후 소식이 끊긴다.

 실종된 브라보팀의 조사를 위해 S.T.A.R.S 알파팀이 라쿤 시티 외곽의 양옥집으로 투입된다. 알파팀은 양옥집 앞 들판에서 브라보팀의 시체를 발견한다. 하지만 알파팀 역시 몬스터들에 쫓기게 되고 본부와 연락은 두절되고 만다.

 알파팀 멤버인 크리스 레드필드, 질 발렌타인, 베리 버튼, 브래드 비커스와 브라보팀의 레베카 챔버스 5인은 양옥집 탈출에 성공한다.

 번화가에서 도깨비를 보았다는 증언이 잇따른다. 이에 크리스 레드필드는 연방 조사국에 수사를 의뢰한다.

크리스 레드필드가 양옥집 사건을 서장에게 보고, 받아들여진다.

 5월 21일 발매의 라쿤 타임즈에 변사체에 대한 기사가 실린다.

 7월 9일 아크레이 산지에서 일어났던 일련의 사건의 조사에 S.T.A.R.S의 투입이 결정되고 엔리코 마리니가 이끄는 브라보팀이 출동한다.

 팀 멤버 6명중, 레베카 챔버스를 제외한 전 대원들의 사망이 확인된다. 팀장인 엔리코 마리니는 행방 불명으로 처리된다.

 5월 아클레이 산맥의 연구시설에서 BIO HAZARD가 발생하면서 다수의 연구원들이 감염, 몬스터화된다.

 실험용으로 사육하던 켈베로스가 탈주.

 엄브렐러는 바이오 웨폰의 실전 데이터를 얻기 위해 라쿤 시경에 S.T.A.R.S의 투입을 지시한다.

 양옥집 지하 연구소의 연구원인 윌리엄 박사가 탈주, R.P.D 건물 지하에 연구시설을 거점으로 삼고 잠적한다.

 G-Virus의 조사를 위해 크리스 레드필드와 베리 버튼은 표면상 휴가를 내고 유럽으로 건너간다.

 크리스 일행은 연구 논문으로부터 G-Virus의 단서를 잡는다.

 대량의 T-Virus가 유출되고 라쿤 시티는 죽음의 도시로 변한다. 시민의 탈출은 불가능했다.

 스타즈의 비중이 약화(거의 다 죽었기 때문에) 일반 R.P.D의 장비를 강화시킨다.

 크리스와 배리는 유럽으로 떠나고 질은 라쿤 시티에 남아 단서를 추적한다.

 크리스의 보고가 FBI에 전해지고 엄브렐러의 이중 스파이인 미국 상원 위원이 이를 알아낸다. 따라서 G-Virus의 존재가 미 정부에 알려지긴 하지만 엄브렐러는 정부와 매스컴에 위장 공작을 가함과 동시에 라쿤 시티 지하의 하수시설의 작업을 중지시킨다.

좀비 군단이 라쿤 시경을 습격하고 전 통신 시설이 파괴되면서 외부와의 연락이 두절된다.

라쿤 시티에 남아 있던 질의 Last Escape가 시작된다.

 라쿤 시경의 경찰관들이 좀비들의 습격에 막대한 피해를 입고, 서내에는 리커가 출몰 사망자가 속출한다.

 연구소에서 코드 G의 인체 실험이 행해진다. 연구시설에서 나온 폐기물로 인해 바이러스가 전 도시에 퍼진다.

 엄브렐러사는 사건의 진상을 알고 있는 스타즈 대원을 없애기 위해 신형 BOW인 네메시스를 투입한다.

 라쿤 시경의 신임 경찰인 레온 스캇 케네디가 도착한다.

 크리스 레드필드의 여동생인 클레어가 오빠를 찾기 위해 라쿤 시티에 온다.

 레온과 클레어, 쉐리는 라쿤 시티 탈출에 성공한다. 클레어는 크리스를 찾기 위해 유럽으로 떠나고 부상당한 레온이 쉐리를 맡는다

 레온과 함께하던 에이다는 행방불명이 된다.

 라쿤 시티를 조사하던 질은 엄브렐러 사설 부대 소속의 카를로스 올리베이라와 탈출에 성공한다.

 라쿤 시티는 핵 사용으로 초토화된다.

 또다른 장소에서 BIO HAZARD 발생. 기억 상실의 청년 필사의 생존을 감행한다.

 신임 경찰 레온의 도착. 클레어 레드필드 오빠를 찾으러 옴.

 질을 구하기 위해 배리가 헬기를 몰고 온다.

 10월 초순 에이다로 보이는 여성이 목격되지만 자세한 내용은 불명.

 아메리카 정보국이 레온의 신변을 취함.

 G-Virus를 빼앗기 위해 여러명의 특수 요원들이 라쿤 시티에 투입된다.

 미군 역시 G-Virus를 노리고 군대를 투입. 이에 엄브렐러는 5명의 타일런트를 투입해서 쌍방 전멸의 무승부를 이룬다.

 훗일 헝크가 이끄는 엄브렐러 특수 부대가 G-Virus를 얻는다.

 미 정부는 라쿤 시티의 멸균을 위해 핵 사용을 결정한다.

 오빠인 크리스를 찾기 위해 엄브렐러 유럽 지사에 침입한 클레어 허무하게 붙잡혀서 락포드 형무소로 이송된다.

 형무소에서 스티브를 만나 함께 탈출을 기도해 보지만 스티브는 T-Veronica 바이러스를 투여당해 사망하고 만다.

 클레어를 구출하기 위해 오빠인 크리스가 나선다.

 락포드 섬에 무언가에 의해 폭격을 받아 T-Veronica 바이러스가 유출되고 새로운 BIO HAZARD가 시작된다.