La idea de excavar un paso de agua a través del Istmo de Panamá para unir los océanos Atlántico y Pacífico surgió a comienzos del siglo 16, cuando Vasco Núñez de Balboa cruzó el Istmo en 1513. Balboa descubrió en ese entonces que tan solo una estrecha franja de tierra separaba los dos océanos. El Emperador Carlos V del Sacro Imperio Romano Germánico, quien también fuese Carlos I de España, inició un movimiento para construir un paso a través del Istmo.

Por medio de un decreto emitido en 1534, Carlos ordenó al gobernador regional de Panamá a levantar los planos para construir una ruta hacia el Pacífico siguiendo el Río Chagres. Este fue el primer estudio realizado para la construcción de un canal que permitiera a los buques cruzar de un océano al otro por Panamá, y su curso seguía más o menos el del actual Canal de Panamá. Para cuando se terminó el levantamiento del mapa, el gobernador opinó que sería imposible para cualquiera lograr tal hazaña.

El interés de los Estados Unidos en un canal que uniera los océanos Atlántico y Pacífico a través del Istmo centroamericano, no necesariamente por Panamá, surgió relativamente tarde. Este interés por construir un canal aumentó con el descubrimiento de oro en California en 1848, que creó un tremendo volumen de comercio transístmico, mayormente por tierra, a través de la sección hasta entonces terminada del Ferrocarril de Panamá.

La instalación de Ulysses S. Grant como el 18o. Presidente de los Estados Unidos en 1869, dio nuevo ímpetu a la política de Estados Unidos de construir un canal. El interés personal de Grant se remonta a julio de 1852 cuando, como capitán del Ejército, dirigió al Cuarto Destacamento de Infantería a través del Istmo de Panamá para prestar servicio en California. El destacamento de varios cientos de hombres, junto a sus dependientes, cayó víctima de una epidemia de cólera en Panamá que cobró las vidas de 150 hombres, mujeres y niños. Del trágico incidente, Grant escribió más tarde, "Los horrores del camino en la época lluviosa van más allá de lo descriptible".

En 1869, el Presidente Grant ordenó expediciones para realizar estudios topográficos en América Central. Las expediciones fueron organizadas por el Jefe del Buró de Navegación, el Comodoro Daniel Ammen, y estuvieron bajo el mando del Secretario de la Armada. Los estudios se realizaron en Tehuantepec, México, a cargo del Capitán Robert W. Shufeldt; en Darién, a cargo del Comandante Thomas Oliver Selfridge; en Nicaragua, al mando del Comandante Chester Hatfield, el Comandante Edward P. Lull y el Ingeniero Civil en Jefe Aniceto G. Menocal; y en Panamá, a lo largo de la línea del ferrocarril, a cargo de Lull y Menocal. La alta calidad de estos estudios es reconocida aún en la actualidad. Como nota interesante, la ruta actual del Canal de Panamá es prácticamente idéntica a la propuesta en el estudio realizado por Panamá en ese entonces.

El Presidente Grant nombró una Comisión del Canal Interoceánico para evaluar los hallazgos de estas expediciones realizadas por la Armada entre 1870 y 1875. La Comisión preparó un informe y, luego de mucha consideración, en 1876 la Comisión se pronunció en favor de la ruta por Nicaragua.

Luego del fracaso de los franceses por construir un canal, la Comisión del Canal Ístmico de los Estados Unidos (1899-1901), conocida también como la segunda Comisión Walker en honor a su presidente, el Contraalmirante John G. Walker, ordenó nuevamente estudiar todas las rutas factibles para construir un canal entre los océanos Atlántico y Pacífico. El estudio fue ordenado por el Presidente de los Estados Unidos, William McKinley, sucesor de Grant en el cargo. Esta vez, las rutas por Panamá y Nicaragua recibirían especial consideración. La ruta por Nicaragua volvió a resultar favorecida, pero no sería por mucho tiempo.

Entre los más grandes esfuerzos pacíficos de la humanidad que han contribuido significativamente con el progreso en el mundo, la construcción del Canal se destaca como un logro que inspira admiración. Este triunfo de ingeniería sin paralelo fue posible gracias a una fuerza internacional bajo el liderazgo de visionarios estadounidenses, que hizo realidad el sueño de siglos de unir los dos grandes océanos.

En 1534, Carlos V de España ordenó el primer estudio sobre una propuesta para una ruta canalera a través del Istmo de Panamá. Más de tres siglos transcurrieron antes de que se comenzara el primer esfuerzo de construcción. Los franceses trabajaron por 20 años, a partir de 1880, pero las enfermedades y los problemas financieros los vencieron.

En 1903, Panamá y Estados Unidos firmaron un tratado mediante el cual Estados Unidos emprendió la construcción de un canal interoceánico para barcos a través del Istmo de Panamá. El año siguiente, Estados Unidos compró a la Compañía Francesa del Canal de Panamá sus derechos y propiedades por $40 millones y comenzó la construcción. Este monumental proyecto fue terminado en 10 años a un costo aproximado de $387 millones. Desde 1903, Estados Unidos ha invertido cerca de $3 mil millones en la empresa canalera, de los cuales aproximadamente dos tercios fueron recuperados.

La construcción del Canal de Panamá conllevó tres problemas principales: ingeniería, saneamiento y organización. Su exitosa culminación se debió mayormente a las destrezas en ingeniería y administración de hombres tales como John F. Stevens y el coronel George W. Goethals, y a la solución de inmensos problemas de salubridad por el coronel William C. Gorgas.

Los problemas de ingeniería incluían cavar a través de la Cordillera Continental, construir la represa más grande del mundo en aquella época, diseñar y construir el canal de esclusas más imponente jamás imaginado, construir las más grandes compuertas que jamás se han colgado, y resolver problemas ambientales de enormes proporciones.

En 1977, Estados Unidos y Panamá se unieron en una asociación para la administración, operación y mantenimiento del Canal de Panamá. De acuerdo con dos tratados firmados en una ceremonia en las oficinas de la OEA en Washington, D.C., el 7 de septiembre de 1977, el Canal debía ser operado hasta el final del siglo bajo arreglos diseñados para fortalecer los lazos de amistad y cooperación entre los dos países. Los tratados fueron aprobados en Panamá en un plebiscito el 23 de octubre de 1977 y el Senado de los Estados Unidos dió su aprobación y consentimiento para su ratificación en marzo y abril de 1978. Los nuevos tratados entraron en vigor el primero de octubre de 1979.

La Comisión del Canal de Panamá, una agencia del gobierno de los Estados Unidos, operó el Canal durante la transición de 20 años que comenzó a partir de la implementación del Tratado del Canal de Panamá el primero de octubre de 1979. La Comisión funcionó bajo la supervisión de una junta binacional formada por nueve miembros. Durante los primeros 10 años del período de transición, un ciudadano estadounidense sirvió como administrador del Canal y un panameño era el subadministrador. A partir del primero de enero de 1990, de acuerdo con lo establecido por el tratado, un panameño sirvió como administrador y un estadounidense como subadministrador.

La Comisión del Canal de Panamá reemplazó a la antigua Compañía del Canal de Panamá, la cual junto a la antigua Zona del Canal y su gobierno, desapareció el primero de octubre de 1979. El 31 de diciembre, tal como lo requería el tratado, Estados Unidos transfirió el Canal a Panamá.

La República de Panamá asumió la responsabilidad total por la administración, operación y mantenimiento del Canal de Panamá al mediodía, hora oficial del Este, del 31 de diciembre de 1999. Panamá cumple con sus responsabilidades mediante una entidad gubernamental denominada Autoridad del Canal de Panamá, creada por la Constitución Política de la República de Panamá y organizada por la Ley 19 del 11 de junio de 1997.

La Autoridad del Canal de Panamá es la entidad autónoma del gobierno de Panamá que está a cargo de la administración, operación y mantenimiento del Canal de Panamá. La operación de la Autoridad del Canal de Panamá está basada en su ley orgánica y los reglamentos aprobados por su junta directiva.

La administración del Canal sigue comprometida con el servicio al comercio mundial con los niveles de excelencia que han sido tradicionales en la vía acuática a través de su historia. Con inversiones prudentes en mantenimiento, programas de modernización y de capacitación, el  Canal continuará siendo en el  futuro  una  arteria de transporte viable y económica para el comercio mundial.