บทเรียนโปรแกรมมีจุดเริ่มต้นที่สหรัฐอเมริกา โดยศาสตราจารย์ เพรสซี่ ( Sydney L. Pressey ) แห่งมหาวิทยาลัยโอไฮโอ ได้ประดิษฐ์เครื่องสอน ( Teaching Machine ) ขึ้นสำหรับทดสอบนักเรียน เมื่อปี พ.ศ.2463 และได้ทำการปรับปรุงนำออกเผยแพร่ในปี พ.ศ.2472 แต่เนื่องจากยังไม่ค่อยมีใครเห็นความสำคัญ จึงทำให้ไม่ได้พัฒนาไปเท่าที่ควร

บทเรียนโปรแกรมได้รับความสนใจมากขึ้น ในปี พ.ศ.2497 เมื่อสกินเนอร์ ( B. F. Skinner ) แห่งมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ได้เขียนบทความอธิบายหลักการเรียนรู้ ซึ่งนำไปสู่การสร้างบทเรียนโปรแกรม ลงในวารสาร Harward Education Review และต่อมาสกินเนอร์ได้ประดิษฐ์และทดลองเครื่องสอนของเขา และพิมพ์ผลงานเผยแพร่ในวารสาร Science เมื่อปี พ.ศ.2500 ทำให้บทเรียนโปรแกรมแพร่หลายไปทั่วสหรัฐอเมริกาและประเทศอื่นๆ ผลการค้นคว้านี้เอง ทำให้สกินเนอร์ได้รับการยกย่องว่า เป็นผู้ให้กำเนิดบทเรียนโปรแกรมแบบเชิงเส้น

หลังจากนั้นมีนักจิตวิทยาคนหนึ่ง คือ โครว์เดอร์ ทำให้บทเรียนโปรแกรมได้รับความนิยมแพร่หลายมากขึ้น เขาได้ทำการค้นคว้าทดลองเกี่ยวกับบทเรียนโปรแกรมแบบสาขา ได้รับความสำเร็จมากจนได้รับยกย่องว่าเป็นผู้ให้กำเนิด บทเรียนโปรแกรมแบบสาขา

บทเรียนโปรแกรมได้รับการพัฒนากันต่อๆ มา โดยอาศัยแนวคิดของสกินเนอร์และโครว์เดอร์เป็นหลัก มีการจัดตั้งองค์การเพื่อทำการวิจัยและเผยแพร่บทเรียนโปรแกรมนี้ เช่น มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย มหาวิทยาลัยทรินิตี้ มหาวิทยาลัยเบอร์มิงแฮมและในลอนดอน เป็นต้น บทเรียนโปรแกรมที่สร้างขึ้นในระยะหลังๆ นี้มีการนำเอาการวิเคราะห์งาน ( Task Analysis ) เกี่ยวกับกระบวนการของการ้รียนรู้มาใช้เป็นเครื่องนำทาง และได้มีการนำเอาสื่อการสอนต่างๆ เข้ามาใช้ในบทเรียนโปรแกรมด้วย

จากความเป็นมาของบทเรียนโปรแกรมจะเห็นได้ว่า บทเรียนโปรแกรมได้เริ่มจากเครื่องสอนก่อน แล้วจึงมีผู้คิดทำในรูปของหนังสือตำรา ที่เรียกว่า "แบบเรียนโปรแกรม" นั้นเอง