Al año siguiente de salir de la Academia fue enviado a bordo del USS Replubic a Axnar, para una complicada misión de paz, fue condecorado con la máxima distinción de ese cultura: la Hoja de Palma
En 2254 se graduó de teniente y fue asignado a la nave Farragut al mando del Capitán Garrowick.
En 2263 fue nombrado Capitán del USS ENTERPRISE, al año partió en misión de cinco años.
Es clásico que en sus misiones se mezclaran la acción y el romance, tanto con tripulantes, alienigenas, amigas o enemigas. Con Carol Marcus tuvo un hijo en 2261, David Marcus al que no vio hasta 2285. Ademas estuvo casado (en una dimensión paralela) con Marlena.
Luego de la primera misión de cinco años, fue nombrado Almirante y designado Jefe de Operaciones de la Flota Estelar. Era evidente que lo suyo era un nave, en 2271 comenzó una serie de embarques y desembarques, en 2277 fue destinado a la Academia y se estableció en San Francisco (Tierra, USA).
Una de las personas que conoció abordo del Enterprise volvería a su vida, Khan, en 2285 fue testigo de la muerte de Spock. Viajaría a Génesis para recuperar el cuerpo de su amigo, en este viaje el Enterprise fue atacado por Klingons y tuvo que sacrificar su nave, se apodero de la nave Klingon y con esta salvo a la tierra mediante el Incidente de las Ballenas por el cual fue degradado.
En 2293 viajo con McCoy en el Enterprise misión en la cual fueron condenados por la muerte del Canciller Klingon Gorkon, al salir de esta situación obtuvo su jubilación. Pero Kirk no es inmortal, "murió" en el Nexus, durante una situación provocada por un Aleuriano para encontrar su paraiso.
