Para su programación se dispone de dos registros: el RTCC ya mencionado y el registro OPTION. Este último no es accesible como memoria de datos, no se lo puede leer de ninguna manera, y solo se lo puede escribir con la instrucción especial OPTION (familia PIC16C5X). Este registro contiene los bits necesarios para seleccionar modo contador o modo timer, flanco de conteo en modo contador, prescaler para RTCC o para WDT y constante de división del prescaler, según el siguiente esquema:
A continuación se muestra un circuito equivalente del RTCC (TMR0) y el prescaler.
En el esquema se puede observar claramente como operan los bits de configuración T0SE, T0CS y PSA, en cualquiera de sus combinaciones. Se observa además que en la entrada del contador RTCC hay un circuito de sincronización que introduce una demora de dos ciclos del clock de instrucciones (Fosc. / 4). Al escribir sobre el RTCC automáticamente se resetea este circuito, por lo tanto solo se incrementara dos ciclos después.
El prescaler es un contador asincrónico de 8 bits más un multiplexor 8 a 1 comandado por los bits PS0 a PS2, que permite seleccionar como salida a cualquiera de los bits del contador. Al escribir sobre el RTCC, si este esta programado para operar con prescaler (PSA=0), se borra automáticamente el prescaler. Las instrucciones CLRWDT y SLEEP borran el prescaler, si este esta programado para operar como postscaler del watch dog timer (PSA=1).