Tres años más tarde se traslada a Mytilene de Lesbos, inducido por el mismo Teofrasto, donde enseñó hasta el año 343/2, momento en el que es invitado por Filipo de Macedonia a aceptar el cargo de preceptor de su hijo Alejandro.
Cuando muere Filipo (335-334), Alejandro sube al trono y Aristóteles regresa a Atenas donde funda El Liceo o Peripatos.
A la muerte de Alejandro, en el 323, en Atenas se produce una reacción antimacedónica, y como Aristóteles estaba ligado con la monarquía de Macedonia, se le amenaza con un proceso de impiedad, acusándole de haber inmortalizado a Hernias en el himno que le compuso a su muerte.
Temiendo correr la misma suerte que Sócrates, Aristóteles huyó de Atenas para refugiarse en Calcis de Eubea, lugar de nacimiento de su madre y donde se hallaba su propiedad familiar. Allí, una supuesta afección estomacal puso fin a su vida al año siguiente, cuando tenía sesenta y tres años de edad.