Fue construido por los lencas como un pueblo agricola en el año 900 antes de cristo y habitado hasta el 250 despues de cristo (cuando fue desocupado por lotivo de la erucion del lago de Ilopango),fue habitado nuevamente en el 400 despues de cristo junto con Joya de Ceren,despues de la erupcion del volcan loma de caldera en el año 600 despues de cristo,se alzo como capital regional de un cacicazgo en el valle de Zapotitan hasta ser deshabitada totalmente en el 850 al 900 despues de cristo, hubo una pequeña ocupacion de San Andres durante el posclasico (cuando ya habia sido totalmente abandonado) solo fue ocupado como zona residencial y fue totalmente deshabitado en el 1,200 despues de Cristo.

En el se asento una dinastia de caciques,probablemente bajo las ordenes del rey de Copan (al mismo tiempo influenciado por Copan y por Teotihuacan). Estos caciques gobernaron el valle de zapotitan desde el 600 hasta el 900 despues de cristo.San andres no solo comercio con Copan y Teotihuacan,sino tambien con sitios en Belice y con sitios en el Peten guatemalteco.

Estructuras


En San andrés se observan muchos monticulos estas estructuras forman dos partes o plazas en las que se divide San andres.las cuales son:la plaza norte,formada por la piramide 5 (campana de san andres)esta es la piramide principal de la plaza norte,esta rodeada por otros monticulos en los cuales se daba el comercio,rodeando esta plaza estan las estructuras que conformaban las viviendas de los pobladores de San andres (segun la arqueologia son muy similares a las de Joya de Ceren).
A unos 300 metros al sur,de la plaza norte, se encuentra la plaza sur o ceremonial que en el 600 despues de Cristo se la relleno de adobe y se hizo la acropolis de San andres,conformada por la piramide 1 (la piramide principal,donde se realizaban los actos religiosos),al extremo oriente de esta piramide se encuentran las piramides 2,3 y 4 (donde reinaba la realeza de San Andres),al extremo norte y poniente se encuentra una serie de cuartos (llamados "Los aposentos) que servian como dormitorios y salas de audiencia para la elite gobernante,unos metros al norte de la piramide 2 se encuentra la piramide 7 (esta tambien era una estructura ceremonial),entre la piramide 4 y 1 y los aposentos se extiende una gran estructura ceremonial en la cual se hacian ritos y quizas el juego de pelota,desde la parte de atras de la piramide 4 se extiende la estructura 6 la cual es un camino en forma de L el cual se extiende 300 metros al norte hasta la piramide 5. Enfrente a la estructura 3 hay una escalera que a principios de 2007 se descubrio un tunel que va hasta la plaza orginal cubierta con adobe y al lugar donde eran enterrados los gobernantes de la ciudad.

Caida de San andres


En el año 900 despues de cristo llegan los pipiles haciendo que san andres fuese abandonado para siempre,probablemente sus pobladores se trasladaron a los alrededores del volcan Guazapa,en la cual construyeron lo sitios:Monte Redondo,La Esmeralda,Las Marias,Santa Maria,Mucuyo (que habia sido construido durante el clasico tardio) y Cihuatan;durante el periodo del posclasico llamado epiclasico,los cuales tubieron que abandonar en el 1,200 despues de cristo cuando los pipiles atacan y tubieron que trasladarse a lugares en el actual departamento de San Salvador.