Shao Kahn es un líder que a través de portales interdimensionales fue conquistando distintos reinos, despojándolos de toda vida sin sentir remordimiento alguno. Hace 10.000 llegó a Edenia, un lugar casi paradisíaco, lleno de paz y alegría, mató a Jerrod, su gobernador, tomó por esposa a su viuda Sindel y adoptó a su hija Kitana para reclamar el trono de lo que hoy conocemos como Outworld. El más grande dolor y quizás el único que sintió en su vida, fue cuando murió Sindel. La solución para revivirla era que resucitara en la Tierra. Shang Tsung llevó a cabo el hechizo, y al estar Sindel en la Tierra, Shao Kahn no sólo se reencontraría con ella sino que también podría invadir el reino de la Tierra.

Cuando Shao Kahn comienza la invasión al Reino de la Tierra, hace de Shang Tsung su hechicero y por lo tanto éste se convierte en uno de sus servidores más leales, a pesar de sus fracasos anteriores. Kahn incluso aumenta sus poderes y para su misión deberá ayudarlo en su búsqueda de almas sobre la Tierra para capturarlas.

Como ya se sabe, Sub-Zero es parte del Lin Kuei. El último avance de este clan fue el de los Cyber-Ninjas, siniestros personajes mitad hombre, mitad máquina, los cuales pierden su alma en el inhumano proceso de transformación. Sub-Zero y Smoke se enteraron extraoficialmente de que ellos 2 serían los próximos en ser convertidos e intentaron escapar (a Sub-Zero se le produjo la cicatriz de tiene en el ojo durante esa fuga). Los 2 fueron capturados pero Sub-Zero logró escaparse nuevamente. Al comenzar la invasión de Shao Kahn, Sub-Zero fue elegido para pelear del lado de la Tierra. Pero él no sólo debe cuidarse de los guerreros del Outworld, sino también de los Cyber-Ninjas como Cyrax, Sektor y hasta de su antiguo compadre Smoke.

En la invasión, Liu Kang es el primer objetivo de Shao Kahn, ya que varias veces estropeó sus planes. El vigente campeón se encuentra en una situación en la que la Tierra depende de él más que nunca para librarla del emperador de Outworld.