A inicios del 2000, Lionel Scaloni fue convocado para la Selección Argentina que disputaría el preolímpico en Brasil.    De entrada, y como es normal, Argentina partió como favorita, pero sobre todo, porque ese equipo fue catalogado como el Dream Team Argentino, por la cantidad de jugadores que la integraban.   Lionel no partió como titular, pero, nuevamente, se ganó el puesto, hasta ser indiscutible, gracias a su temperamento y su capacidad para adaptarse a diversos puestos.

Pekerman lograba reunir nuevamente a Riquelme con Aimar, y les sumaba a Biaggini (campeón juvenil en Qatar 95), a Saviola y Cambiasso.   Samuel se le bajo por lesión y a último momento llegó Cufré.    La selección estaba lista para dar espectaculo.

Pero Argentina DEFRAUDO.   Riquelme se lesionó en el primer partido, Saviola nunca apareció y la selección pasó la primera fase gracias a Leonardo Cufré y perdiendo mal ante Uruguay.   En las finales se enfrentaría con Brasil, Chile (clasificado de milagro por la abultada goleada de Brasil a Colombia) y nuevamente con Uruguay.   Argentina no pudo con Brasil, pero se tomaría revancha con Uruguay, y fue allí donde Lionel nuevamente mostró su temperamento, metiendo el primer gol y abriendo el partido para la goleada de Argentina que sería la gran revancha.

Lamentablemente, el envión de la goleada a Uruguay no sirvió.   Argentina no pudo doblegar a Chile en el partido final, y cuando llegaban a penales, el equipo Chileno hizo el gol de la Clasificación que los dejaba en Sydney 2000.   Fue el mayor fracaso de los juveniles de Pekerman, y Lionel fue uno de los que más lo sufrió, así como en las buenas fue el que más festejó.