Inicio su carrera en el Banfield.   Debutó Frente a River en un 0-0 donde jugó un gran partido.    En Setiembre de 1994, lo conoció el País:  La rompe frente a Boca Juniors, y recibe un puntaje de 10 en todos los diarios.

Ese partido fue un pasaporte a la Fama.  Apareció en todos los diarios, y Boca y River iniciaron las negociaciones por su pase.    Al Fines de 1994 el Inter de Milan se lo llevo por U$S 2.900.000 cuando ese dinero era una cifra importante en el medio local.   

El Pupi Zanetti pasaba al Futbol Italiano, por su gran potencia y velocidad.   Cuando se manda al ataque parece una aplanadora.  Tiene precisión en velocidad para desbordar o llegar gambeteando por adentro.

   Jugador de Selección de la primera hora de Pasarrella, Zanetti se consolidó por el carril derecho, y fue parte del equipo que ganara los panamericanos de Mar del Plata 95 y saliera Subcampón en Atlanta 96.  Sin dudas, uno de las Selecciones de mejor juego de la década (junto con las de Pekerman).   Esa fue la base del que jugaría el mundial de Francia 98.

Tras una dura eliminatoria, Argentina llegaría puntera al mundial Francia 98.   Pupi jugó un mundial aceptable, pero el equipo defraudó.  Argentina quedó eliminada en cuartos por una gran selección Holandesa.   Con la llegada de Bielsa, el Pupi, no faltó nunca.   Mientras tanto, en el Inter, se convertiría poco a poco en irremplazable, siendo considerado uno de los mejores 10 jugadores del mundo en 1998.