La diversidad étnica de los territorios oaxaqueños confirió a la evangelización un carácter distinto al que tuvo en otras partes de la Nueva España; aunque en general se siguió la misma política en cuanto a la manera de incorporar a los indígenas a la cultura occidental.

A groso modo puede decirse que en Oaxaca la iglesia mendicante tuvo un papel mucho más importante y decisivo que el clero secular. Prueba de ello son los monumentales conventos que aún quedan en pie; por eso a los dominícos, a justo título, se les considera "los forjadores de la civilización oaxaqueña". Sin embargo, el dominio que llegaron a tener sobre los indígenas afloró, en varias ocasiones, en actos violentos.

Son reputados, por muchas razones, los conventos de la Mixteca Alta: Tamazulapan, Coixtlahuaca, Tejupan, Teposcolula, Yanhuitlán, Nochixtlán, Achiutla y Tlaxiaco, entre los más importantes; en los valles centrales, sin duda, el edificio más espectacular es el convento de Santo Domingo de Oaxaca (Casa Madre de la Provincia y Colegio de Estudios Mayores), pero no hay que olvidar las casas de Etla, Huitzo, Cuilapan, Tlacochahuaya, Teitipac y Jalapa de Marqués (hoy en día desaparecida), entre otras cosas; casi todas en la ruta hacia Tehuantepec. En cada uno de estos edificios se advierte el mismo partido arquitectónico, "inventado" por los mendicantes durante el siglo XVI: atrio, iglesia, claustro y huerta. En ellos quedaron plasmadas las modas y los gustos artísticos que los españoles trajeron, al lado de varias reminiscencias plásticas, sobre todo escultóricas, de linaje prehispánico.

Además de tan cabal integración plástica destacan las proporciones monumentales de tales fábricas: amplios atrios preceden a los conventos, siendo el de Teposcolula uno de los más grandes.

Las capillas abiertas pueden ser "tipo nicho" -como en Coixtlahuaca- o de varias naves como en Teposcolula y en Cuilapan. De las iglesias, la de Yanhuitlán, por muchas razones, es una de las más significativas. Desgraciadamente casi todo el territorio oaxaqueño es zona sísmica; por lo mismo, los movimientos telúricos han echado por tierra, en repetidas ocasiones, los antiguos claustros. Sin embargo, aún puede advertirse su antigua disposición, como en Etla o en Huitzo. Las huertas conventuales constituyeron, por siglos, el orgullo de los religiosos dominicos, quienes hicieron crecer las plantas propias de la tierra, al lado de árboles y hortalizas venidos de Castilla.

No obstante, es en el interior de las iglesias donde todavía puede admirarse la riqueza del ajuar con que estuvieron engalanadas: pintura mural, retablos, tablas y óleos, esculturas y órganos, muebles, orfebrería litúrgica e indumentaria religiosa dan cuenta de la riqueza y generosidad de quienes la costearon (particulares y comunidades indígenas).

Los conventos fueron focos desde donde irradió la civilización occidental: junto con la enseñanza de la religión católica se dio a conocer una nueva tecnología para explotar mejor y más fácilmente la tierra.

Plantas venidas de muy lejos (trigo, cañas de azúcar, café, frutales) modificaron el variado paisaje oaxaqueño; cambio que acentuó la fauna -mayor y menor- venida de allende el mar (bovinos, caprinos, equinos, porcinos, aves y animales domésticos). Y no debe perderse de vista la introducción del cultivo del gusano de seda, que junto con la explotación de la grana constituyeron el sustento, por más de tres siglos, de la economía de varias regiones de Oaxaca.

En los conventos también, valiéndose de recursos didácticos más inusitados (verbigracia, música, plástica y danza), los frailes enseñaron a los indígenas los rudimentos de una cultura espiritual de signo muy distinto a la que tenían antes de la llegada de los conquistadores; al parejo, el aprendizaje de las artes mecánicas iba conformando la imagen del indígena oaxaqueño.

Pero sería injusto no señalar que los frailes también aprendieron un sinnúmero de lenguas indígenas, además del zapoteca y el mixteco; abundan los diccionarios, doctrinas, gramáticas, devocionarios, sermones y otras artes en idiomas vernáculos, escritos por frailes dominicos. Los nombres de fray Gonzalo Lucero, fray Jordán de Santa Catalina, fray Juan de Córdoba y fray Bernardino de Minaya, se cuentan entre los más ilustres de la comunidad de predicadores establecida en Oaxaca.

Ahora bien, el clero secular también hizo acto de presencia en tierras oaxaqueñas desde fecha temprana; si bien una vez que se erigió el obispado de Antequera, su segundo titular durante veinte años (1559-1579) fue un dominico: fray Bernardo de Alburquerque. A medida que el tiempo transcurría, la Corona tuvo particular empeño en que los obispos fueran seculares. En el siglo XVII gobernaron la mitra antequerense clérigos ilustres como don Isidoro Sariñana y Cuenca (México, 1631-Oaxaca, 1696), canónigo de la catedral de México, quien llegó a Oaxaca en 1683.

Si los conventos reprecentan la presencia del clero mendicante en las distintas regiones de la entidad, en ciertas iglesias y capilla -cuyo partido arquitectónico es ciertamente distinto- se percibe la huella del clero secular. Desde que la ciudad de Antequera fue trazada por el alarife Alonso García Bravo, la catedral de Oaxaca ocupó uno de los principales solares alrededor de la plaza; el edificio que albergaría la sede episcopal fue trazado y construido en el siglo XVI, siguiendo el modelo catedralicio de tres naves con torres gemelas.

Con el correr del tiempo y debido a los movimientos telúricos que las dañaron, fue reedificada a principios del siglo XVIII, convirtiéndose en el edificio religioso más importante de la ciudad, sobre todo desde el punto de vista administrativo; su monumental fachada-pantalla en cantera verde resulta uno de los ejemplos típicos del barroco oaxaqueño. No lejos de ella -y en cierta forma haciéndole competencia- se levantan el convento de Santo Domingo y el santuario de Nuestra Señora de la Soledad. El primero de ellos, junto con la capilla del Rosario, es prístino ejemplo del trabajo en yeso, que tanta fortuna cobró en Puebla y Oaxaca; en ese templo el arte y la teología van de la mano, convertidos en un canto perenne a la gloria de Dios y de la orden dominica. Y en la monumental fachada-biombo de La Soledad se despliega también una página de teología e historia Cuyas imágenes reciben las primeras oraciones de fieles, antes de que éstos se postren ante la doliente señora.

Muchos otros templos y capillas configuran la imagen urbana de Oaxaca y sus alrededores; algunos son muy modestos, verbigracia Santa Marta del Marquesado; otros, con sus innumerables tesoros, atestiguan la riqueza antequerense: San Felipe Neri, cuajado de retablos dorados, San Agustín con su portada casi de filigrana; algunos más evocan a distintas órdenes religiosas: mercedarios, jesuitas, carmelitas, sin olvidar a diversas ramas de religiosas, cuya presencia se deja sentir en monumentales fábricas como el antiguo convento de Santa Catarina o el convento de La Soledad. Y todavía, por su nombre y proporciones, nos deslumbra el conjunto de Los Siete Príncipes (actualmente Casa de la Cultura), además de los conventos de San Francisco, el Carmen Alto y la iglesia de Las Nieves.

La influencia artística de estos monumentos rebasó el ámbito de los valles y puede apreciarse muy bien en regiones alejadas como la Sierra de Ixtlán. La iglesia de Santo Tomás, en este último pueblo, seguramente fue construida y decorada por artesanos llegados de Antequera. Otro tanto puede decirse del templo de Calpulalpan donde no se sabe qué admirar más, si su arquitectura o los retablos cuajados de imágenes doradas.