ส้มปลอดโรคไม่ใช่ส้มต้านทานโรค ต้นส้มเหล่านี้จะติดโรคได้ตลอดเวลา ถ้าการดูแลรักษาไม่ดีหรือไม่ถูกต้อง โรคที่สำคัญก็ดังที่กล่าวมาแล้วคือ โรคกรีนนิ่ง โรคทริสเตซ่าไวรัส โรคเอ็กโซคอร์ติสไวรอยด์ และโรคแททเทอร์ลีฟไวรัส

โรคที่มีความสำคัญสูงสุดเป็นอันดับหนึ่งและอันดับสอง คือโรคกรีนนิ่ง ซึ่งเกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ในท่ออาหารของต้นส้ม และโรคทริสเตซ่าไวรัส ซึ่งเกิดจากเชื้อไวรัสที่อาศัยอยู่ในเนื้อเยื่อ การที่โรคทั้งสองนี้ถือว่ามีความสำคัญ เพราะเป็นโรคที่ทำความเสียหายร้ายแรงแก่ต้นส้มเขียวหวาน ส้มเช้ง ส้มโอ และมะนาว ซึ่งเป็นส้มเศรษฐกิจของประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งส้มเขียวหวาน ซึ่งไม่มีความต้านทานต่อโรคกรีนนิ่งเลย และปัจจุบันพบว่าเป็นโรคทริสเตซ่าสายพันธุ์ที่มีความรุนแรงสูงอีกโรคหนึ่งด้วย ทำให้อายุสวนส้มเขียวหวานโดยเฉลี่ยอยู่ในเกณฑ์ 8 ปีเท่านั้น นอกจากปัจจัยทางด้านความรุนแรงของเชื้อโรคและความอ่อนแอของต้นส้มแล้ว สาเหตุสำคัญที่ทำให้ทั้งสองโรคนี้ถูกยกระดับว่ามีความรุนแรงกว่าโรคอื่น ก็เพราะการแพร่ระบาดของทั้งสองโรคนี้นั้น เกิดขึ้นโดยทางกิ่งพันธุ์และแมลงพาหะ ซึ่งมีประสิทธิภาพสูงในการถ่ายเชื้อ เชื้อกรีนนิ่งมีเพลี้ยไก่แจ้เป็นแมลงพาหะ ส่วนเชื้อโรคทริสเตซ่านั้น มีเพลี้ยอ่อนส้มเป็นแมลงพาหะ แมลงทั้งสองชนิดนี้พบระบาดทั่วไปในสวนส้มทั่วประเทศ