ส้มปลอดโรคไม่ว่าเป็นชนิดใด พันธุ์ใดก็ตาม คือส้มที่ไม่มีเชื้อโรคสำคัญอาศัยอยู่ในเนื้อเยื่อของมัน ซึ่งส่งผลให้ต้นส้มเหล่านี้มีความสมบรูณ์แข็งแรงเจริญเติบโตรวดเร็วและให้ผลผลิตสูงเมื่อนำไปปลูก นอกจากนี้แล้วต้นส้มปลอดโรคถ้าสามารถดูแลรักษาไว้ไม่ให้เป็นโรคอีกก็จะมีอายุยืนยาว ให้ผลผลิตต่อไปอีกหลายสิบปีเช่นที่เป็นอยู่ในหลายประเทศ

ส้มปลอดโรคที่กองโรคพืชและจุลชีววิทยาผลิตได้ในปัจจุบันมีอยู่ 4 ชนิดด้วยกันคือ ส้มเขียวหวาน ส้มโชกุน ส้มฟรีมองต์ และส้มโอ ซึ่งมีส้มโออยู่ 4 พันธุ์คือ ขาวทองดี ขาวน้ำผึ้ง ขาวแป้น และท่าข่อย ส้มเหล่านี้ทดสอบแล้วว่าปลอดจากโรคที่สำคัญอย่างน้อย 4 โรคคือ โรคกรีนนิ่ง โรคทริสเตซ่าไวรัส โรคเอ็กซ์คอร์ติสไวรอยด์ และโรคแททเทอร์ลีฟไวรัส การที่กล่าวว่าโรคทั้ง 4 โรคนี้สำคัญ เพราะเชื้อสาเหตุอาศัยอยู่ในเนื้อเยื่อเมื่อตอนกิ่งไปปลูกเชื้อโรคจะติดไปกับกิ่งใหม่ด้วย และขณะนี้ไม่มีการรักษาในแปลงปลูก โรคส้มที่สำคัญอีก 2 ชนิด คือ โรครากเน่าโคนเน่า และโรคแคงเกอร์นั้น เป็นโรคที่เป็นกับเนื้อเยื่อภายนอก สามารถแก้ไขปัญหาและบำบัดรักษาได้โดยใช้สารเคมี