La misión de Zero es evitar que Neo Arcadia se haga con el poder del Dark Elf. Sin embargo, después de derrotar a algunos enemigos, Zero se encuentra con los Baby Elf quienes quieren recuperar a su madre, por tanto se alían con Weil. Para hacer más drástica la situación, Weil lanza un misil a un área poblada por humanos para forzar al Dark Elf a revelar su paradero. El misil deja muchos destrozos... y el camino libre para que entre Omega y absorba al Dark Elf. Harpuia aparece para ayudar a Zero, ya que considera que atacar a los humanos es contrario al objetivo inicial de X de protegerlos. Ambos son lastimados por Omega, y teletransportados a la seguridad de la Base de la Resistencia por Ciel.