Megaman vuelve para protagonizar su enésima entrega en la PSOne. La mascota de Capcom deja su saga habitual para viajar al futuro y salvarlo, otra vez. La historia continúa y este culebrón no terminará mientras las ventas sigan respondiendo.

En el año 21xx

Gracias a los heroicos esfuerzos de los Cazadores de Maverik, X (nuestro Megaman de toda la vida, solo que con una X al final para diferenciarse de su homonimo del presente) y Zero, el malvado plan de Sigma de estrellar la colonia espacial Eurasia contra la tierra, ha fracasado. Zero entregó su vida para detener al maníaco Reploid y X, que resultó brutalmente dañado, ha sido reparado por algún tipo de fuerza desconocida.