เมื่อทหารพม่าบุกเข้าทำลายกรุงศรีอยุธยาในปี ค.ศ. 1767 คริสตังโปรตุเกสต่างก็พากันหลบหนีไปหาที่หลบซ่อนในที่ต่างๆ พวกหนึ่งไปอยู่ที่วัดซางตาครู้สกับ คุณ กอรร์ พระสงฆ์ชาวฝรั่งเศส แต่มีพวกหนึ่งไม่ยอมรับมิชชันนารีฝรั่งเศส พวกเขายอมรับแต่พระสงฆ์ชาวโปรตุเกส จึงแยกไปอยู่ในที่ดินว่างเปล่าซึ่งเป็นที่ตั้งของวักกาลหว่าร์ในปัจจุบัน ที่ที่พวกเขาอยู่นี้มีชื่อว่าค่ายแม่พระลูกประคำ ตามชื่อรูปแม่พระลูกประคำที่พวกเขานำมาจากอยุธยา คริสตังที่อาศัยอยู่ในค่ายนี้ยังไม่มีวัด ทั้งยังไม่มีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครองพวกเขาจึงไปร่วมพิธีทางศาสนาที่วัดซางตาครู้ส
ปี ค.ศ. 1786 พระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานที่ดินที่พวกเขาอาศัยอยู่นั้นสำหรับสร้างวัด และในปีค.ศ. 1787 วัดก็สร้างเสร็จ เป็นวัดแบบเรียบง่าย สร้างด้วยไม้ยกพื้นสูง เพราะที่ดินแปลงนี้เคยถูกนํ้าท่วม มีห้องประชุมใหญ่สำหรับสัตบุรุษ และห้องซาคริสเตีย ด้านข้างมีบ้านพักพระสงฆ์ขนาอย่อมสำหรับเจ้าอาวาสที่จะมาพัก เพราะคริสตังเหล่านี้หวังว่า สักวันหนึ่งเขาจะมีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครอง วัดนี้มีชื่อว่าวักกาลหว่าร์ตามชื่อรูปพระตายหรือกาลหว่าร์ซึ่งพวกเขานำมาจากอยุธยา คริสตังชาวโปรตุเกสเหล่านี้ขอให้พระอัครสังฆราชแห่งเมืองกัว ส่งพระสงฆ์โปรตุเกสมาปกครองพวกคน แต่ทางเมืองกัวไม่ยอมส่งโดยมีเหตุผลว่าพวกเขามีผู้ปกครองอยู่แล้ว คือพระสังฆราชชาวฝรั่งเศส ซึ่งพระสันตะปาปาทรงแต่งตั้ง ดังนั้นคริสตังชาวโปรตุเกสจึงค่อยๆกลับใจยอมรับอำนาจการปกครองของมิชชั่นนารีชาวฝรั่งเศสในที่สุด เพราะจนถึงเวลานั้นที่วัดกาลหว่าร์ยังไม่มีพระสงฆ์องค์ใดมาทำมิสซาโปรดศีลได้
ปี ค.ศ. 1820 พระเจ้าอยู่หัวพระราชทานที่ดินเพื่อตั้งสถานกงสุลโปรตุเกส ต่อมาภายหลังสถานกงสุลนี้ได้รับฐานะเป็นสถานฑูต ท่านกงสุลขอให้พระเจ้าอยู่หัวประกาศว่าที่ดินค่ายแม่พระลูกประคำ เป็นที่ดินพระราชทานแก่ประเทศโปรตุเกส พระเจ้าอยู่หัว(รัชกาลที่ 2 ) จึงทรงมีพระบรมราชโองการตอบว่าที่ดินผืนนี้มิได้พระราชทานให้รัฐบาลโปรตุเกส แต่ให้คริสตังโปรตุเกสสร้างวัดได้ และดังนั้นที่ดินนี้จึงเป็นกรรมสิทธิ์ของมิสซังโรมันคาทอลิก ไม่ว่าใคร ชาติใด ที่เป็นประมุขของมิสซัง พระสังฆราชฟลอรังส์ จึงเข้าปกครองวักกาลหว่าร์และมำมิสซาอย่างสง่าเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม ค.ศ. 1822 เพื่อเป็นการเทิดเกียรติแด่พระนางมารีอา
ชาวโปรตุเกสที่อาศัยอยู่บนที่ดินผืนนี้ค่อยๆอพยพโยกย้ายไปทำมาหากินในที่ต่างๆ จึงมีจำนวนลดลงเรื่อยๆและมีชาวจีนเข้ามาอยุ่อาศัยแทน นานๆครั้งจึงจะมีส่งพระสงฆ์ไทยมาทำมิสซา และโปรดศีลให้
ปี ค.ศ. 1837 คุณพ่ออัลบรังด์ มาอยู่ที่วัดกาลหว่าร์ เพราะสะดวกสำหรับการติดต่อแพร่ธรรมในหมู่ชาวจีนท่านได้สร้างห้องโถงใหญ่ ด้วยไม้ไผ่ มุงแฝก สำหรับใช้เป็นสถานที่แพร่ธรรมให้แก่คริสตังใหม่และคริสตังชาวจีน เนื่องจากวัดเก่าที่โปรตุเกสสร้างเมื่อปี ค.ศ. 1887 นั้นผุพังไปเกือบหมดแล้ว พระสังฆราชกูรเวอซี จึงสั่งให้รื้อและสร้างใหม่ เป็นวัดครึ่งอิฐครึ่งไม้ ทำพิธีเสกในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1839 โดย พระคุณเจ้าปัลเลอกัว ซึ่งเป็นพระสังฆราชผู้ช่วย และต้องตั้งชื่อว่าวัดแม่พระลูกประคำ แต่ชาวจีนยังคงเรียกว่า วักกาลหว่าร์ มาจนถึงปัจจุบันนี้
ในสมัยคุณพ่อดือปองด์ เป็นเจ้าอาวาส(ค.ศ. 1846 - 1864 ) ในปี ค.ศ. 1858 เพื่อเป็นการลบล้างการทุรจารวักกาลหว่าร์ ซึ่งเกิดจากการมาจุดประทัดในวัด พระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานที่ดินอีกแปลงหนึ่งให้ ในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1864 ได้เกิดเพลิงไหม้ที่วัดกาลหว่าร์ ทำลายบ้านพักพระสงฆ์ และหลักฐานทุกอย่างของวัดกาลหว่าร์รวมทั้งหลักฐานและบัญชีศีลศักดิ์สิทธิ์ของวักตั้งแต่สมัยคุณพ่ออัลบรังด์
ในปี ค.ศ. 1890 คุณพ่อแดซาลส์ เจ้าอาวาสได้รื้อวัดกาลหว่าร์ซึ่งมีอายุ 50 กว่าปี และทำการสร้างใหม่ ซึ่งก็คือหลังปัจจุบัน เสกศิลาฤกษ์วันที่ 4 ตุลาคม ค.ศ. 1891 โดยพระสังฆราชเวย์ และเสกวัดใหม่ในปี ค.ศ. 1897 สิ้นค่าก่อสร้างทั้งสิ้น เจ็ดหมื่นเจ็ดพันบาท ในสมัยคุณพ่อเปอตีต์เป็นเจ้าอาวาส วัดหลังนี้ได้มีโอกาสใช้เป็นสถานที่สำหรับทำพิธีอภิเษกคุณพ่อแปร์รอส เป็นพระสังฆราช เมื่อวันที่ 30 มกราคม ค.ศ. 1910 พระเจ้าอยูหัวรัชกาลที่ 5 ทรงแต่งตั้งผู้แทนมาร่วมพิธีด้วย ในสมัย คุณพ่อกิยู เป็นเจ้าอาวาสได้จัดฉลองครบรอบ 25 ปี ในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1922 จัดฉลองครบรอบ 50 ปี ในวันที่ 5 ตุลาคม ค.ศ. 1947 ในสมัยคุณพ่อโอลวิเวอร์ เป็นเจ้าอาวาส ในสมัยคุณพ่ออาแมสตอย เป็นเจ้าอาวาสได้ทำการบูรณะซ่อมแซมวัด ทาสีทั้งภายนอกและถายในให้ดูสวยงามและสง่าขึ้น และได้จัดฉลองครบรอบ 60 ปี ของวัดเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม ค.ศ. 1957
คุณพ่อฮั่วเซี้ยง กิจบุณชู(ปัจจุบันเป็นพระอัครสังฆราชแห่งกรุงเทพฯ และพระคาร์ดินัล)ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ 13 ในระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1965 ถึงเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1965 นับเป็นเจ้าอาวาสซึ่งเป็นพระสงฆ์คนไทยองค์แรกของวัดกาลหว่ารและนับจากนั้นเป็นต้นมาเจ้าอาวาสทุกองค์ของวักกาลหว่าร์ก็ได้ถูกมอบหมายให้กับพระสงฆ์ไทย นับเป็นความภูมิใจประการหนึ่งของวัดนี้
เหตุการณ์ที่น่าสนใจอีกประการหนึ่งเกิดขึ้นในสมัยที่คุณพ่อ ประวิมย์ พงษ์วิรัชไชย ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในระหว่างปี ค.ศ. 1983 - 1989 นั่นคือคุณพ่อได้ทำการบูรณะซ่อมแซมและปรับปรุงสภาพของตัววัดซึ่งกำลังทรุดโทรมมาก ให้มีความสวยงามขึ้น โดยพยายามรักษารูปแบบตลอดจนลวดลายของเดิมไว้ให้มากที่สุด เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 16 เมษายน ค.ศ. 1987 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานรางวัลประกาศนียบัตรอาคารอนุรักษ์ดีเด่นให้แก่คุณพ่อประวิทย์ พงษ์วิรัชไชย ซึ่งเข้าพระราชทานรางวัลในฐานะเข้าอาวาส นับเป็นความภูมิใจไม่เฉพาะของวัดและสัตบุรุษวักกาลหว่าร์เท่านั้น แต่ยังเป็นความภูมิใจของพระศาสนจักรในประเทศไทยที่มีส่วนอนุรักษ์ศิลปะที่มีคุณค่าต่อประเทศชาติด้วย
ในสมัยที่คุณพ่อ อนันต์ เอี่ยมมโน ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในปี ค.ศ. 1989 วัดกาลหว่าร์ก็กำลังอยู่ในระหว่างการก่อสร้างอาคารที่พักอาศัยให้แก่สัตบุรุษใหม่ ซึ่งโครงการนี้พระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู ได้ให้บริษัทสันติพิทักษ์เข้ามาช่วยเหลือในการดำเนินงานด้วย
ค.ศ. 1995 คุณพ่อวุฒิเลิศ แห่ล้อม เป็นเจ้าอาวาส และได้ทำการบูรณะซ่อมแซมอีกครั้งหนึ่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง กระจกสีที่ถือว่ามีความสวยงามที่สุดแห่งหนึ่ง และในวันที่ 5 ตุลาคม ค.ศ. 1997 มีการจัดฉลองครบรอบ 100 ปี ของวักหลังปัจจุบันด้วย