คณะเยสุอิตเข้ามาเริ่มทำงานในประเทศไทย โดย คุณพ่อ เปโตร เชรุตตี ในปี ค.ศ. 1954 (พ.ศ. 2497) โดยได้รับคำเชิญจาก ฯพณฯ มอนสิญอร์ โชแรง ให้คณะเยสุอิตเข้ามาช่วยพระศาสนจักรทำงานทางด้านการติดต่อ อบรมนิสิต นักศึกษาคาทอลิกในวงงานด้านมหาวิทยาลัยและช่วยจัดการอบรมต่างๆแก่นักบวชทั่วไป
ค.ศ. 1958 (พ.ศ. 2501 ) คณะเยสุอิตได้ย้ายมาประจำที่ที่อยู่ปัจจุบัน คือบริเวณอนุสาวรีย์ชัยสมรภูมิ กรุงเทพ และเปิดโบสถ์ที่มีลักษณะเป็นบ้านไม้หลังเล็กๆ 2 ชั้นขึ้น โดยชั้นบนจัดเป็นโบสถ์และชั้นล่างจัดเป็นหอประชุม ต่อมาจำนวนนิสิตนักศึกษาและฆราวาสเพิ่มมากขึ้น ดังนั้น ทางคณะฯจึงได้จัดสร้างโบสถ์หลังใหม่ขึ้นแทนบ้านไม้เดิมเสร็จในปี ค.ศ. 1972 (พ.ศ. 2515) มีพิธีเสกและเปิดโบสถ์หลังใหม่โดยพระสังฆราชไมเกิล มีชัย กิจบุญชู ซึ่งโบสถ์หลังนี้ก็ได้เปิดใช้ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
ปัจจุบันนี้ วัดบ้านเซเวียร์ เป็นโบสถ์เล็กที่สังกัดอยู่กับวัดแม่พระฟาติมา และได้รับอนุญาตให้มีการโปรดศีลล้างบาป และศีลสมรส เฉพาะผู้ที่เคยเป็นสมาชิกนิสิตนักศึกษาบ้านเซเวียร์