โรงเรียนศาสน์สามัคคี เป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่ผู้ปกครองให้ความเชื่อมั่น ส่งบุตรหลานเข้ามารับการศึกษา ทั้งทางด้านศาสนาและวิชาสามัญ  ซึ่งสภาพการดำเนินงานของโรงเรียนในปัจจุบันต้องพบกับปัญหาและอุปสรรคในหลาย ๆ ด้านทำเล  ที่ตั้งของโรงเรียน  ต้องอยู่บริเวณที่ลุ่ม  น้ำท่วมขังได้ง่าย  ซึ่งจะมีอุปสรรคต่อการเรียนการสอนเมื่อฝนตกหนักน้ำค้างเพราะระบบการระบายน้ำไม่ดี
ด้านบุคลากร  บุคคลของโรงเรียนส่วนใหญ่ ทั้งวิชาสามัญ และวิชาศาสนา  ยังขาดประสบการณ์ในการจัดการเรียนการสอน ด้านการบริหารและจัดการ  การบริหารของโรงเรียน ได้พยายามปรับปรุงวิธีการบริหารให้เป็นประชาธิปไตย  ทุกคนมีส่วนรวม แต่บุคลากรยังไม่คุ้นเคยกับบทบาทหน้าที่ ที่ได้รับมอบหมาย ทำให้การปฏิบัติงานขาดความมั่นใจ  ระบบการติดตามตรวจสอบประเมินผล  สารสนเทศภายในยังไม่เป็นระบบที่ชัดเจน ด้านข้อมูล การเก็บรวบรวมข้อมูลต่าง ๆ ยังไม่เป็นระบบ ไม่สามารถนำระบบข้อมูล สารสนเทศ มาใช้ในการบริหารและจัดการได้มากนัก
ด้านนักเรียน   นักเรียนส่วนใหญ่ของโรงเรียน  พ่อแม่ฐานะยากจน นักเรียนส่วนหนึ่งไม่มีหนังสือเรียน ทำให้ครูผู้สอนประสบปัญหา ในการจัดการเรียนการสอน