Mas os Beasties superaram as críticas, principalmente por notatem que existia uma conexão entre os dois gêneros. Certamente, o tom debochado do primeiro álbum, Licensed to III (o disco de rap que mais vendeu nos anos 80) corroborou para a ojeriza dos críticos e dos puristas do gênero. Para muitos, os Beastie Boys foram considerados como palhaços do macho.

Isso começaria a mudar com o lançamento do disco Paul's Boutique (1989), que foi produzido pelos Dust Brothers (eles já produziram discos do Beck e Rolling Stones, entre outros). Paul's Boutique foi um fracasso de vendas.

O próximo álbum sairia três anos depois. Check Your Head foi produzido num esquema que se tornaria o usual: eles retomaram os instrumentos do começo da época punk, faziam muitas improvisações e juntavam tudo mais tarde. O produtor, Mario Deodato Jr., é o mesmo desde então. Detalhe: o cara é brasileiro.

O disco foi bem de vendagem, mesmo o rap estando dominado pelo Gangstar e o cenário rock sofrendo a influência do Grunge. A música de maior sucesso foi So What You Want.

Após isso, o grupo passou por intensas transformações. Montaram seu selo, Grand Royal (que tem, entre outros, o grupo Luscious Jackson e Sean Lenon), uma revista com o mesmo nome e uma loja de roupas. MCA tornou-se budista e passou a organizar o Tibetan Freedom, um concerto em prol da libertação do Tibet (atualmente, o país se encontra sob o domínio da China).

Em 1994 sai o disco I'll Comunication. O álbum contêm a magistral canção Sabotage, que tem um vídeo de igual valor. O clip foi dirigido por Natanial Hornblower, o pseudônimo de MCA. Na cerimônia de premiação do Video Music Awards da MTV americana, MCA invadiu o palco travestido de Natanial protestando contra a vitória do clip do R.E.M. (Everybody Hurts) na categorial vídeo do ano sobre o clip de Sabotage.

O álbum seguinte só sairia quatro anos depois. Hello Nasty foi aclamado pela crítica e público e tinha as canções Intergalatic e Body Moving, entre outras.

No final de 1999, o trio lançou uma coletânea de sucessos intitulada the Sounds of Science.