La Edad Moderna comienza con la unificación de las coronas de Castilla y Aragón que llevaron a cabo los Reyes Católicos, que estuvo a punto de ser impedida por un soriano, un centinela del castillo de Osma que arrojó desde las murallas un enorme pedrusco contra un extraño sospechoso que una noche rondaba las poternas...y que resultó ser Fernando de Aragón que, en guisa de mozo de mulas, venía cruzando Castilla clandestinamente en busca de Isabel para casarse con ella.
Y es que los Reyes Católicos visitaron a menudo la provincia, de hecho tuvieron Corte durante algún tiempo en Almazán, donde contrajo matrimonio su hijo varón, único heredero. Los sorianos mostraron a su vez su implicación con estos reyes; así, en la toma de Granada, dotaron de tropas y de recursos económicos al ejército cristiano, lo mismo que en la guerra con la que se anexionó Navarra.
Sin embargo, este inicio de la Edad Moderna supone que Soria pierda mucha de la importancia que tenía al ser zona fronteriza entre los reinos de Castilla, Navarra y Aragón (la "frontera de la raya"). Al no ser ya un territorio estratégico, irá quedando apartada progresivamente de los acontecimientos de la vida nacional.
El siglo terminará con la expulsión de los judíos (1492) del territorio español, una población numerosa, poderosa e influyente en la provincia, sobre todo en las tierras cerealistas de la mitad Sur, que habían logrado despertar un notable antisemitismo entre los sorianos debido a sus ocupaciones de recaudadores de impuestos reales y prestamismas.
Pese a citado inicio del declive soriano, el siglo XVI sigue siendo todavía un periodo próspero: se robustecen los municipios; la población aumenta y se roturan nuevas tierras; se intensifican diversos estudios; se incrementan los cultos religiosos; y, en lo económico, continúa la importancia de la Mesta, con claro predominio, todavía, de la ganadería sobre la agricultura. La provincia no sólo se autoabastecía sino que proveía a otras de productos agropecuarios: la carne soriana llegaba hasta Madrid y lana se exportaba a Flandes e Inglaterra.
El protagonismo de la historia provincial va pasando a ser encabezado por las grandes familias nobiliarias que aquí tienen origen o arraigo: Ríos y Salcedos, Castejones, Altamira, Mendoza, Medinaceli, Gómara, Portocarrero, Montenegro...vinculados a las gestas del Imperio, a la propiedad de tierras o a la posesión de rebaños merineros. La huella de su presencia queda hoy en forma de excelentes casas troncales y palacios, joyas de arquitectura civil, diseminados por la geografía soriana.
El paso de la propiedad de las tierras de realengo a señorío (por donación real generalmente), y el cambio de régimen jurídico de sus habitantes, se irá incrementando progresivamente, desde la Edad Media hasta el final de la Edad Moderna (siglo XVIII), hasta llegar a suponer más de la mitad de la superficie y el 65% de la población provincial. El poder nobiliario suponía que, en su territorio, contaban con el poder jurisdiccional (tener autoridad sobre todas las causas civiles y criminales que se produjesen en su señorío) y el fiscal (establecer y cobrar impuestos y pechos).
Como hechos políticos, podemos destacar la llegada al trono del emperador Carlos I en las primeras décadas de este siglo XVI y la sublevación de los comuneros castellanos. Aunque Soria, al parecer, simpatizó con el movimiento comunero, no se inclinó abiertamente a su favor sino que se mostró partidaria del Consejo de Regencia y por tanto, del emperador, ya que la sublevación comunera suponía una revisión de ciertos privilegios que los linajes sorianos consideraron un atentado contra sus derechos.
Los sorianos mostrarían su lealtad a Carlos I (que concedería el señorío de Soria a su esposa, Isabel de Portugal, en virtud de sus capitulaciones matrimoniales) cooperando, según las necesidades, con hombres y recursos económicos para ayudar a paliar los gastos ocasionados con motivo de las frecuentes guerras, como la de Flandes, Cataluña, Portugal.
Así irá sucediendo con todos los monarcas de esta Edad Moderna, ya sean austrias o borbones. En Soria se proclamara con solemnidad cada subida al trono y se destinaran recursos para sus contiendas bélicas.
Y es que en los siglos XVI y XVII , Soria ofrecerá, más que episodios históricos, relevantes figuras, como Fray Tomás de Berlanga, los prelados Alvarez Acosta y Palafox, el P. Diego Laínez (cofundador de la Compañía de Jesús y gran teólogo en el Concilio de Trento), la Venerable Sor María de Ágreda, el poeta y dramaturgo Salazar de Torres, Francisco López de Gómara, etc. Bastantes de ellos implicados en la conquista, pacificación o evangelización de las tierras del Nuevo Mundo.
Además destaca el paso por la capital y la provincia de otras altas personalidades, ya que, entre otros factores, Soria era la ruta más fácil hacia Europa: Fray Antonio de Guevara, Iñigo de Loyola, Fray Luis de León, Santa Teresa de Jesús, Felipe II, Felipe IV(para visitar a la Venerable María de Ágreda), Fray Gabriel Téllez (Tirso de Molina, que ya había estado en Soria en 1608 y que moriría y sería enterrado en Almazán en 1648) y un largo etcétera de monarcas y personalidades.
La coyuntura económica cambió ya a partir de 1542. Pertinaces sequías y medidas económicas que resultan desfavorables para la industria soriana textil de la lana, entre otros factores de crisis llevaron al abandono masivo de pueblos (de 1565 a 1630 más de 200 pueblos quedaron abandonados).
Pero es a partir de la última década de este siglo cuando se abaten sobre Soria todos los problemas de la decadencia española del siglo XVII: la naturaleza volvió la espalda a los labradores y la sequía azotó sin tregua el siglo. Muchos agricultores acabaron tan empobrecidos que perdieron hasta sus tierras a merced de nobleza y clero. A la crisis económica se sumaron tremendas crisis agrícolas que desencadenaron subalimentación, constantes y brutales epidemias de peste, tifus...etc y, por tanto, una elevada mortalidad, haciendo perder a Soria más de 100.000 habitantes a lo largo de este siglo XVII. Para colmo la agobiante presión fiscal se repartía entre una menor población, luego resultaba todavía mayor.
Sin embargo el descenso demográfico iba trayendo otras consecuencias más favorables.La agricultura se mantuvo gracias a la despoblación y al abandono anterior de tierras: de esa manera, los que se quedaban en las aldeas iban cogiendo las mejores parcelas para la labranza y dejando las peores para el pastoreo. Su alimentación mejoraba y resistían mejor las epidemias.
Pero al llegar el siglo XVIII la guerra de Sucesión, disputa entre Austrias y Borbones por el vacío trono español, supone una suma de pobreza para Soria por su participación decisiva en nombres y recursos económicos. De hecho, se llega a pasar hambre por destinar alimentos al abastecimiento de los ejércitos; la hambruna trae epidemias, que encima coincidirán con inviernos muy rigurosos y sequías nada más terminar la contienda bélica.
A pesar de un fuerte crecimiento demográfico a partir de 1730 hasta 1787, tras las secuelas del enfrentamiento, a las que se volvieron a unir sequías y crisis agrarias, asistiremos a un declive que ya no lograrán detener ni el todavía importante comercio de lanas de la cabaña soriana, ni la obra reformista de Borbones e ilustrados a través de la Numantina (nombre provincial de la Sociedad Económica de Amigos del País).
Esta sociedad , creada en 1777 por lo que fue una de las primeras en su fundación, realizó una labor entusiasta y progresista y dio un gran impulso a la provincia, protegiendo la ganadería, todavía importante, creando industrias y renovando la rudimentaria tecnología de la época, a la vez que fomentaba otras empresas económicas, benéficas, docentes y culturales. Aún así, la labor no resultaría suficiente para salvar a Soria de una decadencia ya peremne.