ストーリー紹介（１４−１９話）
第十四話
Ｆａｌｌｏｕｔ
コンボイはスパークの力を振り絞って全崩壊を止める
その際死にかける
ライノックス死亡。 過ちを認める
マトリクスにアクセス
マトリクスの意味を理解する
ビーストウォーズの意味とは有機物を地球からビーストモードとして持ち帰る事だった
機械、有機、片方だけでは駄目。 バランスの取れた世界がマトリクスの意思
サイバトロンの励ましによりコンボイ復活
リーダーシップも復活？
ジェットストームとスラスト以外の機械全滅
サイバトロンは彼らを仲間にしようとするが失敗
巨大なメガトロンの頭が現れる
第十五話
Ｓａｖａｇｅ Ｎｏｂｌｅ
メガトロンの頭は動かず
コンボイはメガトロンのスパークにアクセスを試みるが失敗
ジェットストームとスラストを探しに行ったサイバトロンはドラゴンの様な怪物に遭遇
逃げ切ると狼型トランスフォーマーを発見
名前はノーブル。 ナイトスクリームと同じく気付いたらビーストになっていた
怪物はサヴェージと言う名前
ノーブルが突然いなくなった
またサヴェージに追われる
コンボイはサヴェージは怖がってるだけだと言う
なんとサヴェージがノーブルに変身
ノーブルは突然サヴェージになってしまうようで変身の制御がきかない
第十六話
Ｐｒｏｍｅｔｈｅｕｓ Ｕｎｂｏｕｎｄ
ノーブルはメガトロンの基地に夜な夜な
引かれてはサヴェージに変身する
彼にもその訳が解からない
サイバトロンは基地を探索するがノーブルは危険ということで待機命令
しかし彼はそれを無視してついてくる
そしてサヴェージに変身してはぐれてしまう
ノーブルはメガトロンの部屋にたどり着く
そしてノーブルは自分でスパークを体から開放する
そのスパークはメガトロンの頭に入っていく
実はノーブルはメガトロンが有機物を体から排除した時の副産物だった
つまりノーブルのスパークはメガトロンのスパークだった
第十七話
Ｉｎ Ｄａｒｋｅｓｔ Ｋｎｉｇｈｔ
サヴェージを探すナイトスクリームはジェットストームとスラストに遭遇
サイバトロンが救出にくる
しかしコンボイとチータスがメガトロンの頭に引き込まれてしまう
サヴェージ登場
ジェットストームはラットルの作ったスキャナーに落ちる
そしてシルバーボルト（鷲）になる！
ナイトスクリームはノーブルを発見
しかし理性を失っている感じ
シルバーボルトとブラックウィドーはコンボイたちを救出に行く
そしてメガトロン（実体もたず）の部屋にたどり着く
シルバーボルトの攻撃で救出成功
サヴェージは落ち着くまで放っておくことに
第十八話
Ｗｏｌｆ Ｉｎ Ａ Ｆｏｌｄ
コンボイ以外が妙なウィルスに感染してしまう
そして喧嘩を始める
コンボイはメガトロンの頭の中でメガトロンと話す
メガトロンは争っているサイバトロンを引き合いに出して、真の平和は全てのスパークが一つにならない限りありえないと言う。
喧嘩を止めに戻ったコンボイも感染してしまう
シルバーボルトの説得で休戦したサイバトロンは喧嘩の原因がウィルスであると突き止める。しかし治療法が見つからない
全員が回路（心？）を合わせることでウィルスを撃退する。
しかし元々争いの種はサイバトロンの中にあった訳で、コンボイはメガの方法が正しいかもしれないと感じ始める
第十九話
Ｈｏｍｅ Ｓｏｉｌ
宇宙船がセイバートロンに墜落する。
もしかしたら仲間がいるかもしれないとサイバトロンは墜落現場に向かう
メガトロンはスラストに生存者を抹殺するように指示する
スラストに先を越されたサイバトロンは三手に分かれて追いかける
サイバトロンは宇宙船にたどり着き、中に入る
そして何か（植物のようなもの）に襲われる
コンボイはこの植物が他の星からの物だと確信し、セイバートロンの植物
に影響を与える前に破壊しなければならないと言う
そして逃げる植物を追いかける
コンボイは、植物がメガトロンのウィルス
と同じ症状を示したため、これはＴＦだと
確信して、リフォーマットを行う
そして女性型トランスフォーマーになる
彼女は他の星を探索するためコンボイ達の様に
セイバートロンを離れていた
たどり着いた所は植物の星だったため植物をスキャンしたのだと言う
彼女は変身しタンコア部隊を壊滅させる
そして死にかけていたセイバーとロンの植物も復活させる
彼女はサイバトロンに入る決意をし、ボタニカと言う名前を明かす
メガトロン（頭）は宇宙船のような物にも変形できる
スラストは１対７では勝ち目が無いと言う