ストーリー紹介（２０−２６話）
第二十話
Ｓｐａｒｋ Ｗａｒ １： Ｔｈｅ Ｓｔｒｉｋｅ
スラストはサイバトロンにボコボコにされる
ボタニカはセイバートロン生命の秘密を解き明かそうとする
彼女は科学者で、戦いたくないと言う
シルバーボルトは戦いが終わるまでは愛情を持たない決意をする
メガトロンは二体の新しいＴＦを作る
ナイトスクリームとシルバーボルトは新入りにおそわれる
ジープ型のＴＦ（女）はterminate、ヘリコプター型のＴＦはobliterateとしか言わない
コンボイは彼らをもとのサイバトロンに戻そうと説得するが逃げられる
そして追いかけると待ち伏せの罠が
彼らは馬鹿なフリをしていただけだった
そして実は戦略のエキスパートだった
ボタは今までにサイが何が起こったのか突き止める
ヘリ型のＴＦはオブシディアン、ジープ型はストライカーと名乗る
彼らは昔からの百戦錬磨のセイバートロンの守護者
そしてコントロールされているわけではなさそう
彼らはメガトロンを守ることかセイバートロンを守ることだと言う
ボタニカが救出にくる
コンボイは全てのスパークを救出しなければならないと言う
第二十一話
Ｓｐａｒｋ Ｗａｒ ２: Ｔｈｅ Ｓｅａｒｃｈ
セイバートロンはまたベヒコンに占拠されてしまう
オラクルによるとセイバートロンの住人のスパークはどこかに移動されたと言う
メガトロンはコンボイだけは生かすように指示
ラットルはまた新兵器を開発
これをもっているとロボットモードでも発見されないと言う
ブラックウィドーを巡ってのチータスとシルバーボルトの争い再燃？
シルバーボルトはチータスを子供扱い
ナイトスクリームはノーブルの痕跡を見つける
ラットルの新兵器は失敗作
コンボイとナイトスクリームはアイアコーンの都市にたどり着く
アイアコーンは旧サイバトロンの都市
旧サイバトロン（Autobots)が新サイバトロン（Maximals)に”アップグレードされた”際に放棄されたと言う
コンボイはＧ１コンボイのメッセージを発見
ラットルはセイバートロンの過去のデータを収納したチップを発見
G1コンボイによると全ての答えは（ゴリラ）コンボイの中にあると言う
しかしG1コンボイは突然メガトロンに変わる
メガトロンはコンボイのデータにアクセスしてオラクルの情報を手に入れる
ナイトスクリームの危機にノーブルが救出に来る
コンボイはメガトロンにアクセスされている間にメガトロンにもアクセスしていた
そして全てのスパークはメガトロン（頭）の中にあるという
第二十二話
Ｓｐａｒｋ Ｗａｒ ３: Ｔｈｅ Ｓｉｅｇｅ
メガトロンは何かをしようとしている
ノーブルが現れ、攻撃されてしまう
サイバトロンは地下に逃げる
その際ノーブルがなかなかついて来ない
ナイトスクリームはノーブルを強引に連れて来ようとするが失敗
ノーブルに固執するナイトスクリームにサイバトロンは反感を覚える
サイバトロンは二手に分かれる
ラットルはまた新兵器を開発
ノーブルは連れて行けないと置いてきぼり
オラクルの力を手に入れたメガトロンにはもはや恐いものはないと言う
ラットルの新兵器は同士討ちを誘うものだった
サイバトロンはスパークを探しにメガトロンの本拠地に潜入する
そしてスパーク抽出機にサイバトロンはつかまってしまう
ノーブルは一人奮戦する
おかげでナイトスクリームだけは助かる
しかしメガトロンに攻撃されたノーブルは力尽きてしまう
キレたナイトスクリームはメガトロンを攻撃
その攻撃がメガトロンを倒してサイバトロンはなんとか助かる
やはりノーブルは死んでしまった
第二十三話
Spark of Darkness
メガトロンをついに倒したとサイバトロンは喜んでいる
ナイトスクリームはいまだにノーブルのショックから立ち直れない
コンボイとメガトロンのスパークはオラクルを通じて繋がっていたので、
コンボイはメガトロンのスパークが消失したのを感じたという
ボタニカは今だ強大な悪を感じると言う
ボタニカの研究を手伝わせられるラットルは愚痴る
二人は喧嘩
しかしなぜかキスをしてしまう
ブラックウィドーとシルバーボルトは兵士に攻撃される
それを倒すとスパークが飛んでいった
チータスはオブシディアンとストライカーを仲間に引き入れようとする
ボタニカの研究所に置いてあったバイク部隊の残骸が急に動き出す
それを倒すとまたスパークが飛んでいく
オブシディアンとストライカーはサイバトロンになる
それを見たスラストは憤慨
サイバトロンは飛行機部隊の残骸に攻撃される
それを倒すとまたスパークが
スパークを持つ謎の兵士達はサイバトロンの本拠地（メガトロンの頭の残骸）に近づいている
謎のスパークがメガトロンの頭に入り込む
スパークは色々な物に乗り移ってサイバトロンを攻撃する
ラットルはスパークの捕獲に成功
そして作業用ロボットの体に閉じ込める
スパークはメガトロンの物だった！
メガトロンはスパーク抽出機を作動させる
サイバトロンは全員つかまってしまう
ボタニカはコントロールパネルを破壊してサイバトロンは脱出する
オブシディアンとストライカーはメガトロンと一緒に逃げ出す
第二十三話
End Game Part One： The Downward
Spiral
メガトロンは新たな体を探し始める
コンボイはメガトロンを倒すまでスパーク達を新たな体に入れられないと言う
セイバートロンは生まれ変わらなければならないと言う
メガトロンがコンボイのデータをダウンできたのはオラクルの意思だと言う
サイバトロンはベヒコンの大群に襲われる
ラットルはベヒコンの認識システムを狂わせる（同士討ちを誘うやつの改良版）兵器を開発
ナイトスクリーム,シルバーボルト、ブラックウィドーが外で戦っていたが、スパーク達を守るためにコンボイは基地をシールドで囲う（外からは入れない）
シールドが傷つくとボタニカも傷ついてしまった
彼女を助けるにはシールドの外に出すしかないと言う
ラットルはボタニカを助けようと考える
ナイトスクリーム達はメガトロンに戦いを挑み、倒す
ラットルは密かにボタニカをシールド制御装置付のポッド入れて外に送り出す
大地に触れたボタニカは回復する
メガトロン（生きていた）はボタニカのポッドについていた制御装置のデータを使い、シールドを破る
ラットル怒られる
基地墜落
スパーク達は無事
もうシールドは再生できない
ラットルは自分を責めるが、コンボイは理解を示す
第二十五話
End Game Part Two: When
Legends Fall
メガトロンはサイバトロン達の抹殺を命じる
ボタニカは基地を動かす新たな動力を見つける
そしてシールドを直す
サイバトロン内で恋愛の渦
コンボイはオラクルに助言を求める
スパーク達はサイバトロンを助けると言う
そしてサイバトロン一人一人に入り込む
メガトロンは降伏を勧めるが、コンボイは拒否
ベヒコン達は体当たりでシールドを破壊する
有機物の庭がドリルに荒らされるとボタニカが傷つく
庭を守るためにボタニカはナイトスクリームとラットルを連れて行く
メガトロンの新しい体が準備される
サイバトロンはスパークの力でベヒコンとドリルを撃退
しかし突然スパークの力が消える
サイバトロンは次々に倒される
指揮官達は基地に潜入するがオブシディアンとスラストはチータスに宇宙に放り出される
突然ベヒコン達が動かなくなる
チータスはスラストのスパークを吸い取る
チータスがパワードコンボイに倒される？
メガトロンの新しい体はパワードコンボイだった！
コンボイ以外のサイバトロンのスパークは吸い取られてしまう
第二十六話
End Game Part Three:
Seeds of the future
メガトロンがパワードコンボイの体を使ったのには皮肉も込められている
コンボイはスパーク達を守る為に戦う
メガトロンからすれば、コンボイと戦うのは彼の計画の準備が整うまでの暇つぶしなのだと言う
空中戦でも水中戦でもコンボイは歯が立たない
メガトロンは遂に全てのスパークを吸収し始める
メガトロンはその過程をコンボイに見せ付けている
コンボイはスパーク達を引きとめようとするが無駄に終わる
スパークとはマトリクスのかけらで、マトリクスが分散されることによって色々な経験や知識を得、マトリクスをより良い存在にするには個人個人が重要なのだと言う
メガトロンはそれを無視し、弱肉強食の世界では己の力のみが頼りになると言う
メガトロンは遂に全てのスパークを吸収し、更に大きくなる
メガトロンはセイバートロンの生命のコアをベクターシグマの鍵で機械化しようとする
しかしオラクルはコンボイとメガトロン両方がアクセスできるので鍵は作動させられない
メガトロンはコンボイからオラクルを奪い取る
コンボイは建造物にリフォーマットを施し、そこから生えたツルでメガトロンを縛る
メガトロンはコンボイを掴む
コンボイが攻撃するとメガトロンはバランスを崩し二人は生命のコアへ落ちていく、、、、
、、、
サイバトロン（コンボイ除く）が目を覚ますとそこは自然と機械の調和した世界だった
ブラックウィドーとシルバーボルト,ラットルとボタニカは遂に一緒になる
スパークを開放されたセイバートロンの住民達が新たな体で走って来る
チータスはコンボイの声を聞く。 コンボイはやはり、、、
ワスピータはスラスト顔の蜂になって、ラットルに吹っ飛ばされる
彼は遂に最後まで幸せになれなかった
セイバートロンが存在する限り、コンボイはTF達の心に存在すると言う
コンボイは遂にオラクルの使命を果たした