ストーリー紹介（１−６話）
第一話
The Reformatting：
非メタルズのサイバトロン（コンボイ、ラットル、チータス、ブラックウィドー）が戦車部隊に追われる
しかも変身出来ない
サイバトロン全員がセイバートロン星に着いてからの記憶を失っている
逃げ回る内にオラクルと言うコンピューターにたどり着く
コンボイは自分がここに呼ばれたと確信する
オラクルは全てのＴＦの創造に関わっていると言う
オラクルは全てのサイバトロンのプログラムを変更し、新しい体を与える
今度はバイク部隊に追われる
変身して対抗しようとするが、何故かまだ出来ない
大昔のＴＦは変身するのに訓練が必要で、サイバトロンもそうなってしまったらしい
コンボイは変身に成功し、バイク部隊を撃退
メガトロンはこの様子をモニターで見ている
第二話
Master of the house
サイバトロンは変身の練習をしている
チータスとブラックウィドーは成功するが、ラットルはできない
今回の変身は精神の集中（内なる野獣を手なずける）が必要だと言う
あたらしい基地を手分けして探し始める
チータスとブラックウィドーはセイバートロンの首都、サイバトロポリスにたどり着くが、だれ一人としていない。
しかも都市に関するデータが削除されている
サイバトロンは飛行機部隊に攻撃される
コンボイは何が起こったのか突き止めるためにセイバートロンの議会に行く
しかしなんとそこにはメガトロンが！
メガトロン曰く、ビーストウォーズはコンボイの負けだと言う
メガトロンの新軍団、ベヒコンはスパークを持たず、命令だけを忠実に遂行する
機械の理想郷を作ろうとするメガトロンはビーストモードを持つサイバトロンを消そうとしている
メガトロンは自分のビーストモードを消し去るために筒に入っている
コンボイは、機械は感情的にならない筈なのにメガトロンにはまだ怒りの感情があると言う。 そしてまたメガトロン激怒
メガトロンはセイバートロンの住人のスパークに何かしたらしい。
コンボイはメガトロンが生き残ったのは自分のせいだと言い、自分で蒔いた種は自分で刈ると言う
第三話
Fires of the past
サイバトロンはセイバートロンのバックアップデータを探しに行くが、全てのデータは消去されていた
ブラックウィドーは頭を打った際、羽の生えたTFの夢を見る
メガトロンはいまだに完全に自分の体を機械化できない
そして、何故数に劣るサイバトロンに勝てないのかを疑問視し、新たに自由意志をもったベヒコンを作ることにする
ラットルとブラックウィドーは宇宙船の港に忍び込む
そこには三体のベヒコンが待ち構えていた
かれらは他のベヒコンとは違い、スパークと自由意志をもっている
戦車型がタンコア、戦闘機型がジェットストーム、バイク型がスラスト
ブラックウィドー港のデータを調べる
港のデータには六人のサイバトロンがたどり着いたと記録されているが、彼らにはあと二人が思い出せない
ラットルは、ビーストモードでいるとベヒコンには見つからない事を発見する
ブラックウィドーはサイバトロンが乗ってきた宇宙船のデータにアクセスし、ライノックスとシルバーボルトを思い出す
その際にメガトロンもブラックウィドーの記憶にアクセスし、サイバトロンの基地の位置を探し当てる
サイバトロンの乗ってきた宇宙船は爆破されてしまう
第四話
Mercenary Pursuits
ベヒコン三人組はメガトロンに怒られている
手柄を巡って三人組仲間割れ（メガトロンにスパークを消されるのを恐れている）
コンボイは他のスパークの存在を感じる
ラットルとチータスはメガトロンの変身抑制ウィルスを見つけ、変身推進ウィルスも見つける
ラットルはこれを密かに持ち出す
コンボイ、チータス、ブラックウィドーはタンコアに襲われる
コンボイは何故か懐かしいスパークの感じがしたと言う
ラットルはついに変身するが（ウィルスを使って）、ロボットモードになったためタンコアに発見されてしまう
ラットルは変身の制御ができなくなってしまう
タンコアはサイバトロンを追い詰める
そしてジェットストームとスラストを傷つけてまで手柄を手に入れる
そしてサイバトロンはメガトロンの前に連れてこられる
タンコアは報酬としてスパークの自由を要求する
コンボイはタンコアのスパークにアクセスして説得を試みる
サイバトロンがいなくなればタンコアは用済みになってしまうので、一緒に戦おうと言う
タンコアは動揺する
ラットルはタンコアを攻撃した際に感電（？）し元に戻る
タンコアはサイバトロンと一緒に来るが、メガトロンは彼の記憶を消してしまう
コンボイはタンコアのスパークに再度アクセスを試みるが、留守電だった
コンボイは確かに懐かしいスパークを感じたが、もしかして勘違いだったかも知れないと言う
第五話
Forbidden Fruit
ブラックウィドーとチータスは戦闘訓練をしている
チータスは熱くなりすぎて自分を見失い、コンボイに怒られる
ラットルはいまだに変身出来ない
ライノックスとシルバーボルトを失ったコンボイは落ち込む
コンボイはコウモリ（非機械）に襲われる
そしてサイバトロンは追いかける
捕まえるとコウモリは喋りだす
彼もサイバトロンだと言う
全員ジェットストームに襲われる
サイバトロンは退却
コウモリはジェットストームの戦闘機部隊の認識システムを誤作動させ、同士討ちさせる
コウモリはサイバトロンを出口に案内する
コウモリによると、セイバートロン全域にウィルスがはびこり、そしてメガトロンの部隊が襲いに来た
コウモリは穴に落ちて、気付いたらコウモリになっていたと言う
コウモリはコンボイに果物を与える
チータスはコウモリを怪しがり、コンボイに果物を食べるなと言う
しかしチータス以外は食べてしまい、理性を失ってしまう
チータスに追求されたコウモリは何も知らないと言う
サイバトロンは再びジェットストームに襲われる
チータスは果物の木を切り倒し、サイバトロンは理性を取り戻す
しかしコウモリにとっては果物が唯一の食料だったので取り乱す
そこでコンボイはコウモリにリフォーマット（オラクルがやったように新しい体を与える事）を施す
コウモリは有機機械（有機物と機械の混ざった体。サイバトロン全員がそう）の体になる
コンボイはリフォーマットの影響で倒れる
そして体が回復するまで指揮権をチータスに渡す
コウモリはナイトスクリームと名乗る
第六話
The Weak Component
コンボイは悪夢に悩ませられる
そしてラットルの事を気にかける
ラットル,チータス,ナイトスクリームは情報を集める作戦に出ている
ラットルは変身出来ないことに苛立ちを覚える
ナイトスクリームは、指揮官（三人組）を倒せばその部隊も倒せることに気付く
ナイトスクリームの危機に、ラットルはついに変身する
しかしラットルはナイトスクリームの作戦を邪魔してしまう
そしてサイバトロン全体から反感を買ってしまう
ラットルは作戦中にメガトロンのデータをダウンロードし、メガトロンが弱っていることを発見する
そして今が攻撃の時だと提案するが、誰も信じない
失意のラットルはサイバトロンを去る
そして兵器と引き換えにメガトロンを一晩守ることを約束する
一晩過ぎた後、どちらに着くかはラットルの自由だと言う
サイバトロンはメガトロンを攻撃しに来る
そしてラットルはサイバトロンを攻撃してしまう
メガトロンは１００％に回復する
コンボイが現れる
メガトロンは、ラットルが弱くなったのはコンボイのせいだと言う
しかしラットルはコンボイを信じる
そして朝が来る
メガトロンは約束を守り、サイバトロンを攻撃しなかった