Lucy , Marina y Anaís son tres estudiantes de 2º de secundaria que al encontrarse en la torre de Tokio son transportadas mágica y misteriosamente al mundo místico de céfiro donde conocen a Guruclef
el mejor maestro de magia de céfiro , quien les explica que ese mundo se sostiene por la voluntad de una sola persona conocida como el pilar pero el pilar actual , la princesa esmeralda , ha sido secuestrada por uno de sus guardianes , Zagato, por lo que céfiro se esta destruyendo poco a poco llenándose de monstruos. Para evitar eso la princesa esmeralda convoco a las guerreras mágicas quienes según la leyenda podrían salvarla al despertar a los genios .
La primera serie duro 12 capítulos del manga , que fueron recopilados en tres tomos . La serie de televisión duro 20 capítulos
con uno de los finales más trágicos e inesperados de la animación cuando las tres chicas , ahora amigas inseparables se vieron obligadas a asesinar a la princesa esmeralda para salvar Céfiro ya que ella se había enamorado de zagato y esta era la causa de los problemas en su mundo.
Pero ni las protagonistas, ni las escritoras ni el publico estuvieron conformes con este final. Haciendo eco al último diálogo de Lucy en la serie "Regresaremos a Céfiro, y aremos las cosas bien", la segunda parte se inició cuando una semana después de la muerte de Esmeralda, las chicas regresan a la torre de Tokio y mientras recuerdan las injustas muertes de Zagato y Esmeralda, vuelven a ser llamadas a Céfiro.
Guruclef les explica que Céfiro no tiene un nuevo Pilar, por lo que se esta desmoronando y al mismo tiempo, tres planetas enemigos los atacan para obtener el control del Pilar: Autosam, Zizeta y Fahren. La nueva misión de las chicas es evitar que estos atacantes logren su cometido y encontrar al nuevo Pilar. Una vez más, en el intento de mantener la historia cercana al original, pero sin alcanzar al manga, se agregaron dos personajes y una historia adicional: Debonair y Luce.
Con estos cambios, en el anime, la presencia de Debonair hace que los cuatro países se unan en una batalla terrible para salvar Céfiro, Mientras en el manga cuando las tres chicas son separadas y hablan con los respectivos dirigentes de los invasores logran la paz sin llegar aun conflicto mayor. Más tarde, cuando se descubre que el pilar puede ser Lucy o Águila, en el anime, Águila se sacrifica, consiente de que por su enfermedad le será imposible sobrevivir el tiempo suficiente para salvar Autosam, y así da a las Guerreras Mágicas una oportunidad contra Debonair, esto es completamente distinto al manga, Donde la enfermedad de Águila se manifiesta a través de un largo sueño, del que jamas despertará, y Lucy, al encontrarse con Águila en el cuarto del Pilar se niega a convertirse en el nuevo Pilar de Céfiro hasta que sea posible que Águila sobreviva.
Posiblemente el cambio más drástico del manga al anime lo constituye la identidad de Mokona (o Nikona como se tradujo en México), quien en la versión animada no pasa de ser un lindo animalito que acompaña a las protagonistas, pero en el manga resulta ser el creador de Céfiro, Autosam, Zizeta, y Fahren, quien convocó a las Guerreras Mágicas por segunda vez, para que, siendo neutrales, logren solucionar el conflicto entre los cuatro mundos. Los genios son los mensajeros de Mokona, destinados a ayudar a las tres chicas en su difícil misión, y al final del manga, desaparecen junto con Mokona, viajando a una dimensión distinta.
Pero incluso este cambio fue menos notorio que el final mismo de la serie. En la animación, tras vencer a Debonair y despedirse de sus amigos, Lucy, Marina y Anaís regresan a la torre de Tokio, sin perder la esperanza de regresar algún día a Céfiro, para poder verlo en todo su esplendor. En el manga, cuando Lucy destruye el sistema del Pilar, las tres chicas deciden no regresar a Tokio, quedándose en Céfiro para siempre. Así Anís se vuelve la prometida de Paris, Marina jamas se decide entre Guruclef o Ascot... Y cuando a Lucy se le pregunta a quién prefiere, si a Latís o a Águila (Quién aun duerme pero se espera su recuperación) ella responde sonriente: " ¡A los dos! "
Y así termina la épica aventura de las tres chicas de secundaria que fueron a encontrar la felicidad, muchos amigos y una gran madurez en otro mundo, por lo menos en Televisión y manga, pues en 1996 se inició la producción de 3 OAVs de esta serie, con nuevas aventuras para nuestras heroínas.