E3系
E3系是繼400系獲得好評後，第二款迷你新幹線，1999年3月秋田新幹線工程完成，大曲至盛岡之間的路軌加入了新幹線用的標準軌道，並開始以E3系行走東京至秋田之間。 E3系的列車又名こまち (Komachi)，在E311的車頭有一連結器，在盛岡或仙台站能與200系或E2系連結。車身以鋁合金製造，以減輕重量，設計先行車時，車頂是有三個PS206集電弓在E326, E329及E325，但生產量產車時改變了設計，使用兩個PS206集電弓在E326及E325的車頂上。車廂方面，座椅是2+2方式，普通車卡是單向式，而頭等車卡側是對向式，並設有洗手間、電話亭、電話卡和飲品自動售賣機及流動小食售賣員。 性能方面，E3系是採用VVVF制御方式，新幹線最高時速達275km/h，在來線側達130km/h。 服務初期是5輛編成，MT比例為4M1T，到1998年加入E328付隨車，MT比例改為4M2T。
1999年12月，山形新幹線伸延至新庄，而400系亦增加至7輛編成，為了增強輸送力，於是JR東日本引入E3系1000番代。 E3系1000番代的列車又名つぱさ (Tsubasa)，基本性能、車體、車廂設計及設備與E3系是一樣，MT比例為5M2T，新幹線最高時速達240km/h，在來線側達130km/h，在仙台站能與200系或E4系連結。 E3系1000番代 － 山形新幹線 (山形電車區)
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