Bukan tanpa sebab bila Presiden Habibie mengingatkan akan kemungkinan bangkitnya komunisme. Kendati mendapat banyak kritik atas pertanyaannya tersebut, namun bila ditelusuri substansi pernyataan yang dibuatnya, secara pasti diakui nilai kebenarannya. Karena itu, dalam beberapa kesempatan Kepala negara mengajak semua pihak merenungkan kembali semua perilaku para pendukung komunisme sebelum mereka meledak lewat pemberontakan berdarah G30S pada 1965. Tujuannya hanya satu, agar bangsa ini tak jauh untuk keduakalinya ke jurang kehancuran seperti pada saat tragedi 1965. Pada saat itu gerakan komunis secara sistimatis ingin menghancurkan tatanan kehidupan dan nilai-nilai yang menjadi dasar jiwa kehidupan bangsa dan agama. "PKI menghujat dan memfitnah tokoh masyarakat dan pimpinan agama serta pimpinan organisasi kemasyarakatan yang menentangnya. Mereka menghalalkan segala cara untuk mencapai tujuannya, termasuk memaksakan kehendak, mematok tanah secara ilegal, dan sebagainya dengan alasan untuk kepentingan rakyat banyak. Kemudian pada klimaksnya,mereka secara biadab membunuh para jenderal dengan kejam dan keji," tegasnya ketika menerima tokoh-tokoh eksponen-66. Bukti lain yang turut menguatkan sinyalemen akan bangkitnya komunisme di negeri ini adalah fenomena ‘penyucian diri’ dari para mantan tokoh PKI dan menimpakan kesalahan kepada pihak yang menjebloskan mereka ke penjara selama ini. Dalam kalimat pakar hukum tata negara Prof Dr Bagir Manan,SH, era kebebasan reformasi menjadi wahana terbaik buat mereka untuk membersihkan diri segala kesalahan yang telah mereka lakukan terhadap bangsa dan negara ini. "Pada hari-hari ini, dalam suasana kebebasan reformasi, anggota-anggota PKI serta pendukungnya mencoba memperoleh hadiah gratis reformasi untuk mencuci diri bahwa mereka tidak bersalah, dan mulai mengajukan berbagai tuntutan," kata Bagir Manan dalam diskusi "Upaya Membangun Kehidupan Negara Demokrasi Menghadapi Ancaman Disintegrasi Bangsa" di Bandung, Senin lalu. Kekhawatiran terhadap bahaya komunis sesungguhnya tak berlebihan. Bila banyak orang beranggapan bangsa ini sudah terbebas dari komunisme lewat bubarnya PKI dan sudah tuanya para tokoh PKI yang masih hidup, tarnyata hal itu bukan jadi halangan akan bangkitnya ideologi utama musuh agama tersebut. Mantan Gubernur Lemhanas Letjen (purn) Sayidiman Suryohadiprojo justru mengaggap krisis berkepanjangan saat ini jadi lahan subur tumbuhnya kembali ideologi anti Tuhan tersebut. "Usaha komunis itu tetap ada, walaupun tidak dalam wadah organisasi yang tersusun. Tetapi disadari atau tidak, mereka selalu memanfaatkan setiap situasi dan kondisi serta segala aspek kehidupan untuk bangkit kembali, " tegasnya. Ia melukiskan paham komunis itu seperti kuman penyakit, yang pada akhirnya bisa menjadi gangguan kronis apabila tidak ditangkal. "Nampaknya rakyat kita belakangan ini rawan terjangkit kuman itu, "kata Sayidiman prihati, sambil mengungkap strategi PKI dengan membektuk Nasakom pada masa Orde Lama yang dengan mudah berkembang setelah berhasil menggunakan kekuasaan Bung Karno di satu sisi, dan menyengsarakan rakyat di sisi lain. Sekjen Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia Husein Umar SH sepakat akan hal ini. Menurutnya sejarah mencatat reinkarnasi dari pendukung ideologi sesat ini demikian cepat dan licin sehingga tanpa disadari sudah berkembang biak dan menjadi ancaman serius bagi umat beragama. "Ketika peristiwa Madiun, Aidit (25), Nyoto (26), dan Lukman (27) masih muda sekali. Trio mereka itu membangun kembali komunisme dari reruntuhan Madiun, sesudah Muso. Mereka membangun lagi sisa-sisa PKI Madiun dalam waktu relatif pendek. Dari akhir tahun 1948 memasuki tahun 1965, mereka berhasil muncul menjadi salah satu dari empat besar parpol di Indonesia (Masyumi, PNI, NU dan PKI)," jelasnya. .