Tokyo Mew Mew kertoo pääasiassa Momomya Ichigo-nimisen tytön seikkailuista. Kaikki alkaa, kun Ichigo on nk. "treffeillä" eläinmuseossa ihastuksensa Masayan kanssa. Ichigo tiettyjen tapahtumien johdosta tapaa neljä eri tyttöä, kun he törmäävät erään kahvilan edessä sattumalta. Häädettyään kiusaajat silmälasipäisen tytön kimpusta, he kokevat yllättävan maanjäristyksen. Maanjäristyksen jälkeen Ichigo kokee monenlaista outoa, kuten se että hän alkaa käyttäytyä kuin kissa. Myöhemmin samalla viikolla Ichigo on Masayan kanssa puhdistamassa jokea roskista, kun jättimäinen rotta hyökkää heidän kimppuunsa. Silloin Ichigo saa selville, että hänen geeninsä ovat fuusioituneet villikissan geenien kanssa tehden hänestä... Mew Ichigon, supersankarin!

Hänelle kerrotaan, että on vielä neljä muuta tyttöä, joilla on samanlaisia voimia, mutta erilaisten eläimien dna:ta on laitettu heihin. Ja eikös Ichigo ala sitten etsiä heitä. =^^=