ตั้งแต่เกิดเหตุการณ์ไม่สงบในประเทศติมอร์ตะวันออก องค์การสหประชาชาติได้จัดส่งกองกำลังรักษาสันติภาพ (PEACE KEEPING FORCE)  เข้าไปปฏิบัติการในประเทศติมอร์ตะวันออก   ในการนี้ประเทศไทยได้ส่ง กกล.972 ฯ เข้าร่วมตั้งแต่แรก โดยมีหน่วยแพทย์ระดับ 2  เป็น นขต. ของ กกล.972ฯ มีที่ตั้งของหน่วยที่ อ.เบาเกา (BAUCAU) เริ่มปฏิบัติงานตั้งแต่ สิงหาคม 2543 มีภารกิจให้การสนับสนุนทางการแพทย์ระดับ 2 ต่อกำลังทหารและเจ้าหน้าที่องค์การสหประชาชาติในเขต Sector East ของประเทศติมอร์ตะวันออก และได้มีการผลัดเปลี่ยนกำลังพลมาแล้วทั้งสิ้น 5 ผลัด ตั้งแต่ภารกิจยังเป็น

 INTERFET (International Forces in East Timor) , UNTAET  (United Nations Transitional Administration in East Timor) และล่าสุดเป็น UNMISET (United Nations Mission of Support in East Timor)   ตามแผนการลดกำลังของ PKF จะเริ่มลดขนาดของกองกำลังที่ปฏิบัติงานในติมอร์ตะวันออกจาก 5000 นาย  ให้เหลือ 3870 นาย ภายใน 1 ธันวาคม 2545 ในการนี้ UNMISET ได้กำหนดให้หน่วยแพทย์ระดับ 2 กกล.972 ฯ ผลัดที่ 6 เปลี่ยนย้ายที่ตั้งเข้าปฏิบัติภารกิจให้บริการทางการแพทย์แก่เจ้าหน้าที่ HQ PKF ณ กรุงดีลี่ แทนหน่วยแพทย์ UNMILHOSP ประเทศออสเตรเลียซึ่งถอนตัวกลับประเทศ โดยเปลี่ยนชื่อจากหน่วยแพทย์ระดับ 2 กกล.972ฯ เป็นโรงพยาบาลสหประชาชาติประจำกรุง  ดีลี (UN HOSPITAL)

หน่วยแพทย์ระดับ 2 ผลัดที่ 6 ได้เริ่มปฏิบัติภารกิจตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม 2545 โดย พบ.เป็นผู้จัดกำลังเพื่อส่งเข้าปฏิบัติงาน มีกำลังพลทั้งสิ้น 40 นาย  มีการดำเนินการดังนี้.-

ขั้นเตรียมการ

- พบ.ได้แต่งตั้ง พ.ท.สยาม ศรีสุคนธ์ ผบ.พัน.สร.6 เป็น ผบ.หน่วย พ. ระดับ 2 กกล.972 ฯ ในส่วนของกำลังพลที่ร่วมการปฏิบัติงานเป็นการสนธิกำลังจาก ส่วนของ กรมแพทย์ทหารบก กรมแพทย์ทหารเรือ กรมแพทย์ทหารอากาศ และกองบัญชาการทหารสูงสุด โดยมีสัดส่วนตามสังกัดดังนี้คือ   ทบ. 24 นาย ทอ. 8 นาย  ทร. 5 นาย และ บก.สส. 3 นาย แยกกำลังพลเป็นประเภทได้เป็น แพทย์ 7 นาย ทันตแพทย์ 1 นาย พยาบาล 5 นาย นายทหารพยาบาล 3 นาย และนายทหารประทวน 24 นาย ในการนี้ได้กำหนดให้กำลังพลรายงานตัวเพื่อเตรียมความพร้อมต่าง ๆ ทั้งทางด้านธุรการ,จัดเตรียม สิ่งอุปกรณ์ส่วนตัว และ สิ่งอุปกรณ์อื่น ๆ ที่จำเป็นต้องเตรียมไปเพื่อย้ายหน่วยไปปฏิบัติภารกิจในสถานที่แห่งใหม่ในกรุงดีลี โดยได้ประสานแนวทางปฏิบัติกับหน่วยแพทย์ระดับ 2 ผลัดที่ 5 ที่กำลังปฏิบัติภารกิจที่ อ.เบาเกา ติมอร์ ตอ. ในขณะนั้นอยู่ตลอดเวลา เพื่อให้ทราบสถานการณ์ ภารกิจที่ชัดเจนและ สภาพของ สป.ต่าง ๆ ที่มีอยู่และสิ่งที่ควรเสนอความต้องการเพิ่มเติม และจัดให้มีการประชุมเพื่อเตรียมการและประเมินสถานการณ์เป็นระยะ ๆ

- การเคลื่อนย้าย กกล.972 ฯ ผลัดที่ 6 จากประเทศไทย ได้แบ่งกำลังพล หน่วย พ.ระดับ 2 เพื่อการเคลื่อนย้ายเป็น 2 ผลัด ผลัดแรกที่ออกเดินทางเป็นฝ่ายอำนวยการและกำลังพลส่วนใหญ่จำนวนทั้งสิ้น 30 นาย ออกเดินทางจากสนามบิน จ.ขอนแก่น เวลา 0030 วันที่ 31 ก.ค. 2545 และได้รับส่งหน้าที่การปฏิบัติงานของหน่วยแพทย์ระดับ 2 จากผลัดที่ 5 ให้ผลัดที่ 6 ปฏิบัติภารกิจต่อ ตั้งแต่ 1 ส.ค. 2545 นอกจากนี้ ผบ.หน่วย และ รอง ผบ.หน่วย พ.ผลัดที่ 5 ได้นำผบ.หน่วยและฝ่ายอำนวยการของหน่วยแพทย์ผลัดที่ 6 เดินทางไปแนะนำตัวและประสานงานกับ Health cell ของ UNMISET  ในวันที่ 3 ส.ค.2545 ส่วนกำลังพลอีก 10 นายที่เดินทางมาเป็นผลัดที่ 2 ได้เดินทางไปสมทบในวันที่ 6 ส.ค.2545

ต่อมา HQ PKF ได้ออกคำสั่งให้หน่วยแพทย์ระดับ 2 กกล. 972ฯ เคลื่อนย้ายหน่วยเพื่อปฏิบัติหน้าที่เป็น UN HOSP ณ Caicoli ,Dili ในวันที่ 19 ส.ค.2545 โดย UN MOVCON  เป็นหน่วยรับผิดชอบในเคลื่อนย้ายยุทโธปกรณ์ และ THAIBATT รับผิดชอบในการเคลื่อนย้ายกำลังพล

ภายหลังจากที่กำลังพลและยุทโธปกรณ์ทั้งหมดมาถึงที่ตั้งใหม่แล้ว ได้ดำเนินการด้านต่างๆ เพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการเปิดให้บริการ พิธีเปิดโรงพยาบาลอย่างเป็นทางการกระทำในวันที่ 29 สิงหาคม 2545 โดยมี DSARG  : SUKEHIRO HASEGAWA   .เป็นประธานในพิธี รวมทั้ง  FC ท่านเก่า    LT.GEN. WINAI  PHATTIYAKUL , และ  FC  ท่านใหม่   MAJ.GEN, TAN,HUCK GIM   และมีตัวแทนจากประเทศไทยคือ พล.อ.อ.สงคราม  ธนะวรณ์ รอง ผบ.สส.และคณะ   ตลอดทั้ง ผู้แทนจากหน่วยงานต่างๆ ของ UNMISET  มาร่วมพิธีเปิดอย่าง   โดยโรงพยาบาลเริ่มรับโอนผู้ป่วยและข้อมูลด้านการรักษาพยาบาลจาก UNMILHOSP ในวันที่ 30 สิงหาคม 2545 ซึ่งเป็นผู้ป่วยในหอผู้ป่วยวิกฤตจำนวน 1 ราย ผู้ป่วยใน 3 ราย และเปิดให้บริการแทน UNMILHOSP เต็มรูปแบบตั้งแต่ เวลา 00.00 น.วันที่ 1 กันยายน 2545