Rotterdam, 20 okt. Van de huidige Nederlandse mannen stamt 80 procent af van de eerste jagers-verzamelaars die in de laatste IJstijd (ca 25.000 jaar geleden) in Europa leefden. De overige 20 procent is een nazaat van boeren die pas zevenduizend jaar geleden vanuit het Midden-Oosten Europa koloniseerden.Dat concludeert Peter de Knijff, hoogleraar humane genetica in Leiden, op basis van een studie naar het Y-chromosoom van ruim tweeduizend mannen uit heel Nederland.
De Knijff presenteerde de resultaten dit weekeinde in Leiden op een bijeenkomst in het kader van het Genographic Project, een samenwerkingsverband van IBM en National Geographic dat wereldwijd de migratieroutes van de mens in kaart brengt. Het Y-chromosoom is bij uitstek geschikt om afstamming te onderzoeken, omdat het direct van vader op zoon wordt overgedragen. Bij afstammelingen van boeren worden in bepaalde delen van het chromosoom andere DNA-varianten gevonden dan bij dat van de mensen die al veel eerder in Europa leefden.
Uit het onderzoek blijkt dat de binnentrekkende boeren indertijd in Nederland nauwelijks voet aan de grond hebben gekregen. Duitse mannen stammen veel meer af van de boerenkolonisten, maar in Nederland werden de oorspronkelijke jagers en verzamelaars kennelijk niet 'vervangen' door boeren van buiten. Hier leerden de jagers zelf landbouw en veeteelt.
Het maakt verder in gedrag of lichaamsbouw niks uit of een man van jagers afstamt of van boeren, aldus De Knijff. "Karaktereigenschappen komen voort uit gewone stukken DNA, die je wél van vader én moeder krijgt. Die stukken worden bij elke overerving door elkaar gehusseld."
Jennifer asked about improving a table of DNA results so wide it can't be viewed all at once on one screen.
Her table is in essentially the same format as those of Charles Kerschner at http://www.kerchner.com/kerchdna.htm. Note that his 12-marker table fits on the screen; all the larger tables (25+ markers) require scrolling.
The basic problems with Y-DNA data are:
1. That you have to allow 67 columns (or rows) for the marker/allele results
plus any ID or other info. Some subjects will have only 12 results; some
will have the whole nine yards.
2. That "DNA people" seem to be uncomfortable looking at the data in any
format but the horizontal.
In short, DNA info is messy. You can play around the fringes with improvements, but you can't overcome the basic overwhelming mass and detail of the data. It's just too much to be observable all at once. You might try dropping some data, say, markers after 37; you'd still have an unmanageable table.
I'm working with a similar DNA project. It doesn't matter much what format you use; you can't get all the data on-screen at once -- not in HTML, not in Excel, not in PDF. And this makes for a highly unsatisfying presentation.
One approach is to give up on the raw data for the entire project and focus on modal values for one particular line at a time, as at http://freepages.genealogy.rootsweb.ancestry.com/~craventaylors/dna-abraham1 .shtml. Notice that the data is presented in unordered lists within a 3X3 table. (I might have used divs instead; but a table was faster laying out.)
{Modal values are the most frequent values for a group. As group statistics, they have the advantages of not disclosing individual identities and of representing typical values with one number.}
Behind Jennifer's question are other questions, "What is/are the purpose(s) for displaying the information?" "Are some purposes more important than others?" The answers to those questions should govern the format chosen for the display.
Perhaps, someday, DNA information will reach a level of sophistication that allows us to present it intelligibly.
Mapping the human genome and proteins, viewed by many scientists as a first step in prolonging life, is emerging as one of the most compute-intensive tasks in history. The effort requires massive amounts of processing power coupled with unprecedented amounts of storage. While most companies are trying to consolidate their computing operations, proponents of genetic research are predicting an unprecedented expansion. They even anticipate a separate and distinct genomic economy.
A genomic map is a snapshot in time, which according to some researchers changes almost as quickly as sugar levels in your blood. This means that researchers must repeat the process of collecting and analyzing enormous amounts of data regularly.
All of this has far-reaching implications in many areas that need to be thought through by governments, regulators, technologists and ordinary people. Andras Pellionisz, founder of the International Hologenomics Society and the holder of triple Ph.D.s in physics, computer science and biology, says the social, political and technological consequences of what genomic mapping will unleash are enormous. He believes the changes will be so radical they will create a new genomic economy that will be far larger and more encompassing than the booms created by the Internet and computers.
Pellionisz, for one, believes that software will have to be completely rethought to communicate directly with a programmable processor, rather than relying on a general-purpose operating system. He's not alone in that way of thinking. Most software was created with little thought given to power efficiency or raw performance of specific functions.
Het onderzoek bekrachtigt wat al eerder werd vermoed: dat er vrijwel geen genen van de Neanderthaler in ons zitten.
Uit het onderzoek komt verder naar voren dat de moderne mens, Homo sapiens, en de Neanderthaler ongeveer 800.000 jaar geleden van elkaar zijn afgesplitst.
Darwin Het onderzoek is bekend gemaakt op de 200e geboortedag van Charles Darwin en zal ongetwijfeld de geschiedenis ingaan als een mijlpaal van de moderne wetenschap.
De onderzoekers hebben uit 70 Neanderthal-fossielen, afkomstig van zestien vindplaatsen dna proberen te winnen. Slechts bij de fossielen uit drie vindplaatsen had het dna de tand des tijds doorstaan: er zat 0,2 tot vier procent Neanderthal-dna in die botten. Het beste dna kwam uit een grot in Vindija (Kroatië) maar ook uit El Sidron (Spanje) en Feldhofer (Duitsland, het Neanderthal) kwam bruikbaar Neanderthal-dna.
Overlap In totaal zijn meer dan drie miljard dna-letters van de Neanderthalers afgelezen. Dat is meer dan het totale genoom van de Neanderthaler – dat net als van de moderne mens drie miljard dna-letters beslaat. Maar omdat er overlap was tussen de fragmenten, is in werkelijkheid zo’n zestig procent van het Neanderthal-genoom afgelezen.
Het onderzoek werd geleid door Svante Pääbo van het Max Planck Instituut voor Evolutionaire Antropologie in Leipzig en leunde sterk op de dna-afleestechnologie van het Amerikaanse bedrijfje 454 Life Sciences (een dochter van de farmaceutische multinational Roche). Op de jaarlijkse conferentie van de American Association for the Advancement of Science (AAAS) in Chicago zal Pääbo zondag een lezing over het onderzoek houden.
Melk De onderzoekers hebben specifiek naar enkele genen gekeken. Zo hebben tegenwoordig alleen blanken het zogeheten lactase-enzym, waardoor zij als volwassenen melk kunnen drinken. Zwarten en Aziaten hebben dit enzym niet waardoor ze buikpijn van melk krijgen. De vermoedelijke verklaring is dat blanken deze eigenschap hebben ontwikkeld na de uitvinding van de veeteelt, zo'n achtduizend jaar geleden. Omdat de Neanderthalers ongeveer 30.000 jaar geleden zijn uitgestorven, lag het voor de hand dat in het genoom van de Neanderthaler dit gen niet zou voorkomen. Dat bleek ook het geval.
Spraak Ook het zogeheten FOXp2-gen is bestudeerd. Dat wordt wel in verband gebracht met taal en spraak. Welnu, daarvan had de Neandertaler dezelfde varianten als de moderne mens. Dat betekent niet dat het honderd procent zeker is dat de Neanderthaler kon praten – veel meer genen spelen daarbij een rol – maar het wordt wel waarschijnlijker, aldus onderzoeksleider Pääbo.