Como de costume, os pescadores: João Alves, Domingos Martins Garcia e Felipe Pedroso acordaram de madrugada e rumaram ao trabalho, no Rio Paraíba do Sul, na região de Guaratinguetá, Estado de São Paulo. Os três amigos estavam desanimados porque há muito tempo não conseguiam uma pesca satisfatória e preocupados com a intimação da Câmara local, que exigia que os pescadores fornecessem uma boa quantidade de peixes para a realização de um banquete ao Conde de Assumar, governador da Capitania de São Paulo, que estaria de visita em Guaratinguetá nos próximos dias.

Naquela manhã, João em mais uma tentativa, lançou sua rede nas águas do Rio Paraíba e nada. Decepcionado, joga-a novamente e traz o corpo de uma imagem totalmente enlameada. Olha para seus companheiros e em um gesto enigmático arremessa a rede em direção ao rio. Dessa vez, trouxe a cabeça da imagem da virgem, enegrecida pelas águas do rio. Com cuidado, colocou as duas partes em um lugar seguro do barco e voltou a arremessar a rede. Ao puxá-la teve que chamar seus amigos para que o ajudassem, porque o peso havia triplicado. Surpreendidos, pousaram dentro do barco, dezenas de peixes. Entreolharam-se embevecidos de emoção. Mudos, estenderam a rede no rio, duas, três, não se sabe exatamente a quantidade de vezes, mas em nenhuma delas se desiludiram, porque os peixes tornaram-se abundantes. Tanto que retornaram com o barco ao ancoradouro com receio de virarem devido à quantidade de peixes obtido naquela abençoada pescaria. Para os três, mais precioso do que a fartura de peixes, fora a imagem encontrada, que por um milagre, transformou suas vidas. Dali por diante, nascera a devoção a Virgem, a Aparecida das águas. Durante 15 anos, a imagem da Virgem ficou na casa do pescador Felipe. Lá se reuniam os devotos para rezar e pedir graças e proteção.

- Em 1980, a 04 de julho, o Santuário recebeu a visita ilustre do Papa João Paulo II. Na ocasião foi consagrada por ele a Nova Basílica.
- Em 1995, a 26 de julho, o Santuário celebrou os 250 anos (1745 a 1995) de existência e do culto à Nossa Senhora Aparecida.