Se empezó a construir en el pontificado de Diego Ramírez de Viñaescusa de Haro (1500-1518) y se terminó en el del César Riario (1519-1540). En las albanegas de la portada aparecen las armas (dos rosas) labradas en piedra pertenecientes a este último obispo, que no llegó a residir en Málaga. En la parte superior, en un alto friso, aparecen en relieve el cardenal Pedro de Mendoza y el confesor de la reina, fray Hernando de Talavera, ofreciendo a la Virgen de la mezquita ya consagrada.
La portada es obra de gótico-isabel del siglo XVI. Se cree que pudo haber sido labrada por alguno de los escultores que trabajaron en la puerta norte de la Capilla Real de Granada. Es la primera huella artística de los conquistadores castellanos de la ciudad islámica. La iglesia del Sagrario fue erigida en parroquia el 12 de febrero de 1488 y tuvo su sede en la primitiva mezquita, una vez adaptada al culto cristiano.
