พระมงคลเทพมุนี มีนามเดิมว่า เอี่ยม ฉายาว่า เกสรภิกขุ เป็นสกุลพราหมณ์ ชาติภูมิอยู่ตำบลบางขนุน อำเภอบางกรวย จังหวัดนนทบุรี บิดาชื่อเกษ มารดาชื่อส้ม เกิดในรัชกาลที่ ๓ เมื่อวันพฤหัสบดี เดือนยี่ แรม ๑๐ ค่ำ ปี จอ จุลศักราช ๑๒๐๐ ตรงกับ พ.ศ. ๒๓๘๑

ปีพระพุทธศักราช ๒๓๙๖ ในรัชกาลที่ ๔ เมื่ออายุ ได้ ๑๕ ปี ได้เป็นศิษย์พระญาณสังวร(บุญ) อยู่ที่วัดราชสิทธาราม

ปีพระพุทธศักราช ๒๓๙๘ อายุ๑๗ บรรพชาเป็นสามเณร ในสำนักพระปลัดอ่อน วัดราชสิทธาราม ศึกษาอัก ขระสมัย และเรียนพระปริยัติธรรมบาลีมูลกัจจายน์ ในสำนักมหาดวง วัดราชสิทธาราม

ครั้นถึงปีพระพุทธศักราช ๒๔๐๒ อายุครบอุปสมบท ๆ ณ. พัทธสีมา วัดราชสิทธาราม

พระวินัยรักขิต วัดหงส์รัตนาราม เป็นพระอุปัชฌาย์

พระอมรเมธาจารย์(ทัด) วัดราชสิทธาราม เป็นพระกรรมวาจาจารย์

พระสังวรานุวงศ์เถร(เมฆ) วัดราชสิทธาราม เป็นพระอนุสาวนาจารย์

อุปสมบทแล้ว ศึกษาวิปัสสนาธุระ ในสำนักพระสังวรานุวงศ์เถร(เมฆ) ต่อมาในรัชกาลที่ ๔ พรรษาแรกได้เป็น พระพิธีธรรม

ต่อมาพรรษาที่ ๑๔ ได้ออกสัญจรจาริกถือธุดงค์ ไปตามจังหวัดภาคเหนือ โดยตามพระสังวรานุวงศ์เถร(เมฆ) ไปบ้าง บางที่ก็ไปเองบ้าง และเคยแรมพรรษาที่วัดดอยท่าเสา จังหวัดอุตรดิตถ์ สองพรรษา กลับมาแล้วได้รับแต่งตั้งเป็น พระถานานุกรมที่ พระใบฏีกา ว่าที่ถานานุกรมชั้นที่ ๓ ของพระสังวรานุวงเถร(เมฆ)ต่อมาพรรษาที่ ๑๙ ได้เป็นพระปลัด ว่าที่ถานานุกรมชั้นที่ ๑ ของพระสุทธิศีลาจารย์ วัดราชสิทธาราม

ปีที่ท่านเป็น พระปลัด นั้น สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอเจ้าฟ้าฯ กรมพระยาบำราบปรปักษ์ มีพระประสงค์ ให้พระมงคลเทพมุนี ครั้งเป็นที่ พระปลัดเอี่ยม ช่วยแต่ง ลิลิตมหาราช ท่านก็แต่งถวายจนสำเร็จ การแต่งในครั้งนั้นมีผู้อื่นช่วยบ้างเล็กน้อย ต่อมาสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอเจ้าฟ้าฯ กรมพระยาบำราบปรปักษ์ ได้นำหนังสือที่ท่านแต่งเสร็จแล้ว ไปไว้ในหอพระสมุดวชิรญาณ

ต่อมาได้ถวายเทศ กัณฑ์วนประเวศ หน้าพระที่นั่ง รัชกาลที่ ๕ จึงทรงแต่งตั้งเป็นพระครูชั้นพิเศษที่ พระครูพจนโกศล ท่านเป็นทั้งนักกวี เป็นทั้งนักเทศมหาชาติฝีปากเอก เป็นพระกัมมัฏฐานมัชฌิมา แบบลำดับด้วย กรมพระยาดำรง ได้เขียนเล่าประวัติ พระมงคลเทพมุนี(เอี่ยม) ไว้ในหนังสืองานพระราชทานเพลิงศพ ของพระมงคลเทพมุนี(เอี่ยม) เมื่อปีกุน พ.ศ. ๒๔๖๖ ว่า

. ” กระบวนเทศมหาชาติ ของมงคลเทพมุนี (เอี่ยม) ดูเหมือนจะเทศได้ทุกกัณฑ์ แต่กัณฑ์วนประเวศ นั้นนับว่า ไม่มีตัวที่จะเสมอ ท่านได้เคยถวายเทศนั้นประจำตัว มาตั้งแต่ข้าพเจ้า(กรมพระยาดำรง)ยังเด็ก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕ ก็ทรงโปรด แต่ทรงมีพระราชดำรัสติ อยู่คราวหนึ่ง ว่า...

“พระครูเอี่ยม(พระครูพจนโกศล) เทศก็ดี แต่อย่างไรดูเหมือน อมก้อนอิฐไว้ในปาก”

ต่อมาเมื่อท่านได้เป็น พระมงคลเทพมุนี ฟันหักหมดปากแล้ว ได้ถวายเทศอีกครั้งหนึ่ง รัชกาลที่ ๕ ทรงดำรัสชมว่า “ตั้งแต่ก้อนอิฐหลุดออกจากปากหมด พระมงคลเทพฯเทศเพราะขึ้นมาก” ท่านนับอยู่ในพระราชาคณะที่ทรงพระเมตตา องค์หนึ่ง คู่กับพระสังวรานุวงศ์เถร (เอี่ยม) วัดราชสิทธาราม

พระสังวรานุวงศ์เถร คนทั้งหลายเรียกว่า พระปลัดเอี่ยมใหญ่ (สมัยท่านเป็น พระปลัด)

พระมงคลเทพมุนี คนทั้งหลายเรียกว่า พระปลัดเอี่ยมเล็ก (สมัยท่านเป็น พระปลัด)

ถึงปีเถาะ พระพุทธศักราช ๒๔๓๔ สมัยรัชกาลที่ ๕ เลื่อนสมณะศักดิ์ จากพระครูพจนโกศล เป็นพระราชาคณะสามัญที่ พระสุธรรมธีรคุณ ได้รับพระราชทานนิตยภัตเดือนละ ๑๒ บาท

วันที่ ๑๔ กันยายน ๒๔๓๔ เลื่อนเป็นพระราชาคณะผู้ใหญ่ที่ พระมงคลเทพมุนี สมณะศักดิ์เสมอชั้นเทพ มีสำเนาประกาศดังนี้

๑. พระครูพุทธบาล พระครูรักษาพระพุทธบาท