Gracias a la gestión de las sucesivas Juntas directivas, el club consiguió salir del pozo de la Regional, ascendiendo a la recientemente creada 1ª División Catalana. Entre 1990 y 1992, la situación del club toca fondo; el primer equipo entrena y juega sus partidos en el Campo de Can Jofresa y el Fútbol Base del club
se dispersa entre los diferentes campos de los barrios de la ciudad. El 31 de Mayo de 1992, ganando 0-2 a la UD Montañesa, el Terrassa sube a Tercera División, en la que comienza a jugar en 1993, el año de la vuelta al Estadi, ahora Estadi Municipal Olímpic de Terrassa.
El año siguiente, 1994, se estrena el himno oficial del Terrassa FC, con la letra del escritor local Vicenç Villatoro y con la música de Roberto Tevar. És el año del ascenso a Segunda División B, después de quedar campeón de la liguilla de ascenso por delante del Mallorca B, Torrepacheco y Eldense.
El 23 de Septiembre de 1995 se presenta la sección de Fútbol Femenino del club.
En la temporada siguiente, el equipo queda clasificado en quinto lugar de la liga, con la qual cosa, queda fuera del Play-Off de ascenso a Segunda A. El equipo femenino, en cambio, se adjudica la Copa Federación y sube Primera División.
En 1997, el Ayuntamiento y diversas empresas locales intervienen económicamente otra vez más, pagando las fichas pendientes de los jugadores del primer equipo. El alcalde se reúne con varios empresarios locales y se toma la decisión de impulsar el club económica y deportivamente, así como convertirlo en Sociedad Anónima Deportiva a medio termino. Como a consecuencia de esta reunión, y después de la correspondiente Asemblea, Josep Vall i Planas substituye como presidente del club a Miguel Caparrós.
Juan F. Fondevila presenta su libro "História del Terrassa FC, una entitat per a una ciutat". En Septiembre comienza la Liga 1997-98. El Terrassa FC acaba la temporada en tercera posición, detrás del Barça B y el Mallorca B, y se asegura una plaza en la liguilla de ascenso a Segunda, en la que queda emparejado con Talavera, Besaín y Málaga CF.
El 28 de Junio, el equipo acaba el Play-Off con una increíble derrota (4-1) en el campo del Málaga, equipo que acabó ascendiendo finalmente. Esta derrota supone un duro golpe a la afición terrassense, concentrada en las pantallas gigantes de la Zona Olímpica y en el centro de la ciudad.
En las siguientes temporadas el equipo realizó discretas actuaciones en Liga.
En la temporda 2001-2002, de la mano de Miguel Álvarez, el Terrassa se clasificó en la quinta posición,
pero el descenso del primer equipo del Zaragoza ha servido para que el Terrassa pudiera jugar el Play-Off de ascenso a Segunda A.Play-Off que resolvió con 6 victorias de 6 posibles, un record que ostenta el Terrassa en 10 años que lleva impuesto el sistema de liguilla,como sistema para ascender a la categoría de plata.
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