Het verhaal begint zo als je het spel opstart
Het spel begint met de tekst "3 months after sealing Ganon away in the void" (3 maanden nadat Ganon was opgesloten in de leegte). Link rijd met Epona in de Lost Woods in Hyrule, en opeens komen er twee elfjes aan die Tatl & Tael heten en laten Epona schrikken. Epona steigert en Link valt van Epona af en wordt bewusteloos. Als Link weer wakker wordt ziet hij Stalkid met zijn Ocarina spelen, Link wordt zo boos dat hij Stalkid probeert te grijpen maar Stalkid springt hoog de lucht in en springt op Epona en rijdt heel hard weg. Link probeert nog om Epona vast te pakken maar hij wordt meegesleurt en houdt het niet lang genoeg vol. Link valt weer op de grond en wordt weer bewusteloos. Als Link weer wakker wordt kun je hem besturen. Als je Link kunt besturen moet je door de warphole naar Talmina. En dat was het begin van het spel.
Later kom je in Talmina en ontmoet je de MaskSaleMan, die vertelt je over de dreiging van Talmina. Hij vertelt je dat de maan tegen deze wereld gaat botsen en dat dat komt omdat Skullkid Majora's Mask heeft en dat Majora's Mask van hem is. Je krijgt drie dagen de tijd om de wereld van de ondergang te redden, 1 dag duurt 20 minuten dus je hebt maar 1 uur om het spel uit te spelen denk je dan, maar gelukkig kun je met de Ocarina terug in de tijd reizen.
Je kunt het filmje downloaden van het eerste stukje en een filmpje waarin je de Mask Shop man ontmoet.
Je hebt wel een Quicktime player nodig om de filmpjes te bekijken. Als je de filmpjes op je harde schijf of waar dan ook wil zetten moet je op de links op je rechtermuis knop drukken en dan op "Doel opslaan als..." (of "Save target as...") en dan een plek kiezen om het op te slaan.