El castillo de Riba de Santiuste fue fortaleza musulmana en su origen, que tomó Fernando I, junto con otras plazas del Duero, en 1059. En el año 1011 se ceden las importantes plazas del Duero, Osma, San Esteban y Gormaz, al conde castellano Sancho García, por haber ayudado a un sector musulmán a reponer a Suluyman en el gobierno de Córdoba. Las crónicas nombran al castillo como Ripa Sancti Iusti.

Tiene planta alargada, de unos 90m de largo por 14m de ancho. Se encuentra orientado de sur a norte y consta de tres partes aterrazadas y con diferentes niveles, de acuerdo con la estructura del terreno y su origen árabe de tipo alcazaba. Asentado sobre la misma roca, no le hace falta cimiento alguno, ni barrena, ya que domina el cerro. La primera parte consta de un recinto alargado con dos cubos circulares en sus esquinas, que protegen este flanco. Después viene lo que se podría considerar castillo, con la zona residencial, salón, aljibe rectangular y tres torres de planta rectangular y cuadrada

Junto a la torre principal existe una escalera en la que hay un postigo. La tercera parte está formada por un patio alargado, donde estuvieron las cuadras, un aljibe, una puerta de ingreso; y finaliza con una torre pentagonal, precedida de un pequeño recinto alargado, a modo de espolón. Esta torre tiene dos plantas y su ingreso era por el primer piso mediante una escalera de mano. La puerta abierta al este dispone de una barbacana defensiva. Toda la obra del castillo es a base de sillarejo; se ha reconstruido en 1971 casi totalmente, siguiendo las líneas exteriores, aunque abriendo vanos para diferentes usos; también se almacenaron muros y torres, por lo que se ha recobrado su antigua silueta, que de alguna manera se asemeja a lo lejos a la de Sigüenza, del que participa en época y estructura general.

Hemos esbozado su pasado musulmán en líneas anteriores, El pasado cristiano del castillo comienza definitivamente con la incorporación del reino musulmán de Toledo a Castilla, en 1085, por obra de Alfonso VI. Al reconquistar la zona, todos los castillos pasaban directamente a propiedad real. La primera documentación que tenemos del castillo hasta ahora, correspondiente al 1129, en que el rey Alfonso VII concedió a la iglesia de Sigüenza el castillo de Riba de Santiuste, junto con todas las rentas de sus tierras heredades.

Sin embargo, pasada la frontera del Tajo y Guadiana frente a los musulmanes, el castillo de Riba pierde importancia y queda como enclave de la diócesis seguntina frente a las diversas comunidades de villa y tierra de que estaba rodeado, y en concreto la de Medinaceli y de Atienza.

En el siglo XV, el rey Pedro I de Castilla, ocupó el castillo, junto con otras fortalezas para guarnecer la zona frente Aragón, reino con el que estaba enemistado. Sería en este siglo cuando se reconstruyera parte del castillo.

El único episodio medieval acaecido entre sus muros se remonta al siglo XV, época del rey Juan II, en que Atienza y su comarca fue asaltada y tomada por los navarros, que la mantuvieron diez años, hasta 1445. Años antes, en 1446, el ejército castellano al mando de don Álvaro de Luna, trató de conquistar el castillo, tomando la villa. El deán y gobernador del obispado, López de Madrid, quien dispuso de nuevo el asedio, conquistó la población, cercó el castillo desde abril hasta agosto, y lo ganó al fin con ayuda de ciertos tiros o armas de fuego.

Ensordecido éste deán por su éxito, a la muerte del obispo Luján de Sigüenza, se hoz nombrar obispo, repartiendo cargos entre sus seguidores.

Permaneció con su título durante cuatro años, hasta que asaltado el castillo de Sigüenza por la noche, fue hecho prisionero y encarcelado en el castillo de Atienza. Se eligió como nuevo obispo a don Pedro González de Mendoza.