El 30 de julio de 1858 Miguel Miramón fue ascendido a general en jefe del Primer Cuerpo del Ejército de Operaciones, en sustitución de Osollo. Viajó a la ciudad de México para pedir ayuda y poder organizar una nueva campaña en el interior.
Durante los pocos días que estuvo Miguel en la capital, hizo otra visita a Concha, quien había pasado todo el tiempo que él estuvo en campaña, escondida en un convento, huyendo del compromiso matrimonial que había hecho con el inglés Edward Perry, del cual se había arrepentido por los enfermizos celos del inglés.
En la noche del 30 de julio estaba Concha en el balcón de su casa cuando vio detenerse ante su puerta un carruaje tirado por dos caballos y con criados de librea. Del carruaje bajó Miguel que llegaba a ofrecerle su banda de general recordándole su promesa hecha hacía tres años de que cuando fuera general se casaría con él. Esa misma noche Miramón pidió la mano de Concha a su hermana Lupe quien trató de evadir la respuesta haciendo preguntas sobre las batallas libradas por Miguel.
-"Ya las habrán enterado los periodistas de eso, respondió él, ahora la única batalla que tengo entre manos es conquistar a Concha y tomar esta plaza fuerte."
Al despedirse le dijo a Concha que volvería al día siguiente por su respuesta. Cumplió su promesa y se presentó en casa de las Lombardo al día siguiente. Concha le contó las dificultades de su compromiso con Perry y su estancia en el convento. Ella seguía indecisa y él prometió regresar la siguiente noche por su respuesta; esta vez no volvió. En la mañana del 1 de agosto Concha recibió la siguiente carta:
" Concha:
Cómo me da pena en estos momentos que son las dos de la mañana, escribir la noticia de que mi presencia es indispensable en Guanajuato; me marcho con el sentimiento de no poder decirte adiós , pero con la esperanza de que a mi regreso serás mía para siempre.
Miguel Miramón"
En efecto en la madrugada del 1 de agosto de 1858 Miguel Miramón salió de México hacia el norte para combatir a las tropas de Vidaurri. En Guanajuato reunió el mayor número de tropa posible. Contaba con cuatro mil hombres y esperaba que se le unieran los de Leonardo Márquez y Tomás Mejía. El ejército de Miramón enfrentó a las tropas de Vidaurri en Ahualulco, cerca de San Luis Potosí. Vidaurri, a pesar de hallarse bien fortificado, fue rodeado con un movimiento envolvente dirigido por Márquez, reforzado por Miram´on con un ataque frontal con la artillería y la caballería de Mejía. El combate duró tres horas y fue una derrota completa sobre las fuerzas liberales, lo cual le proporcionó a Miramón un prestigio inmenso, sin embargo no pudo nuevamente perseguir a las vencidas tropas de Vidaurri por falta de hombres y dinero.
Durante este periodo escribió varias cartas a Concha a quien ya consideraba su novia.
"La falta de tus cartas me había hecho pensar mil necedades, entre otras cosas que preferías al hombre que ya otra vez se interpuso hace tres años (Perry) "
"No tengas cuidado por mi campaña, que es segura la victoria, pero sí debes pedirle a Dios que me esperen, pues si huyen como acostumbran hacerlo, quien sabe cuando concluirá lo de estos rumbos"
"Tengo el sentimiento de decirte que me parece que sólo por donde yo marcho va la fortuna pues no ignorarás los sucesos de Tampico, Aguascalientes y Huauchinango, y como yo no puedo estar en todas partes, temo a la larga cansarme y tomar la decisión de marcharme al extranjero".
Y no le faltaba razón a Miramón; los conservadores sufrían derrotas por donde quiera y sólo triunfaban en donde él estaba. En Morelia, el gobernador Epitacio Huerta y el general liberal Miguel Blanco saquearon la Catedral, llevándose joyas que adornaban las imágenes y plata labrada, con el afán de reunir dinero y poder poner en movimiento fuerzas para atacar a Miramón. Huerta envió a Blanco a ocupar Guanajuato, pero habiendo antes ocupado esa ciudad los conservadores, y aprovechando que el destacamento de Miramón estaba en San Luis, Blanco se dirigió a la Ciudad de México. El 13 de octubre se introdujo en Tacubaya, tomó el Castillo de Chapultepec y se extendió hasta la garita de San Cosme de donde fue rechazado por las fuerzas del general Miguel Piña. Blanco escondió el botín del saqueo de la Catedral de Morelia en una casa en Tacubaya perteneciente al ministro norteamericano Forsythe, misma que éste rentaba al pretendiente inglés de Concha Lombardo, Edward Perry. Blanco huyó de la ciudad dejando comprometido a Perry quien fue puesto bajo arresto por orden del presidente Zuloaga en la prisión de La Acordada. dejando a Concha por fin libre de su compromiso.
Miguel Miramón fue mandado llamar por Zuloaga y, dejando a Francisco Vélez a cargo de la plaza de San Luis y enviando a Leonardo Márquez a Guadalajara que estaba sitiada por Santos Degollado, partió hacia la ciudad de México, a donde llegó el martes 20 de octubre.
Lo primero que hizo Miguel al llegar a la capital fue ir a ver a Concha.
-"He querido saludarte, le dijo, antes de ver al Presidente. Pero esta noche vuelvo para que hablemos en serio".
Miramón cumplió su promesa y se presentó a las ocho en punto en casa de las Lombardo.
-"No encuentro paz lejos de ti, le dijo a Concha, y si me amas es preciso que te vengas conmigo a San Luis Potosí.. Mi estancia en la capital será corta, pero nos podemos casar antes de marcharme.
-"Y cuando nos casaríamos", preguntó Concha
-"Mañana si quieres, puedo arreglarlo todo en 24 horas"
-"¡Dios mío, casarnos mañana! Si tan siquiera fuera domingo".
-"Pues bien nos casaremos el domingo", declaró Miguel, y diciendo esto llamó a las hermanas de Concha y les informó que la boda se efectuaría el domingo siguiente. Acto seguido se retiró para ir a informar a sus padres.
El día siguiente, jueves, se presentó Miramón con dos testigos frente a los cuales Concha prometió ser su esposa. Más tarde él le envió dinero para que ella pudiese comprar su ajuar de bodas y además de regalo de bodas le envió un abanico de concha nácar, un collar de aderezo y una pulsera de brillantes.
Aquella misma noche del jueves, Miramón volvió a casa de Concha, acompañado de su amigo Nicolás de Ycaza, para informarle a su prometida que el presidente Zuloaga y su esposa Doña María Palafox de Zuloaga, serían los padrinos de boda, la cual se realizaría por lo consiguiente en Palacio Nacional. Concha se negó a esto último e insistió en que por ser huérfana, o se casaba en la iglesia o en su propia casa, y así se hizo. El domingo 24 de octubre, fiesta del Arcángel Rafael, Miguel Miramón y Concepción Lombardo se casaron en casa de la novia, en la calle de la Canoa. Ofició la ceremonia el obispo Joaquín Madrid y la apadrinaron el Presidente Zuloaga y su esposa. Al terminar la ceremonia se dirigieron todos a Palacio Nacional, en donde tuvo lugar la misa de velación y se sirvió un desayuno. Después Miguel y Concha se dirigieron a la Villa de Guadalupe a dar gracias por su feliz enlace. Aquella misma tarde, el presidente Zuloaga les ofreció una comida en Palacio Nacional.
Tres días después de su matrimonio, el 27 de octubre, Miguel se enteró que las fuerzas liberales de Santos Degollado habían tomado Guadalajara, que era defendida por el general conservador Blancarte. La capital tapatía había caído después de 31 días de sitio, siendo asesinados los principales jefes de la defensa. El general Blancarte fue asesinado a quemarropa frente a la casa donde se alojaba.
Miramón no contaba con tropas organizadas para ayudar a los vencidos ejércitos de Guadalajara. Acompañado de Concha, se trasladó a San Luis Potosí, en donde reunió tropas para emprender una campaña contra Degollado y recuperar Guadalajara. Para el 8 de diciembre, las tropas de Miramón se hallaban ya concentradas en Tepatitlán. El 11 se batió con Degollado. Forzó la entrada por el puente del río Poncitlán. En le pueblo de San Miguel, a cinco kilómetros de Poncitlán, las tropas de Miramón dieron alcance a cuatro mil hombres del ejército liberal, Miramón se apoderó de varias piezas de artillería (28 cañones) armas (800 fusiles) parque y cerca de 500 prisioneros. Las fuerzas liberales que defendían el puente y el frente del ejército, se retiraron con Degollado por el camino a Colima
El 15 de diciembre, el "Joven Macabeo" entró triunfante a la capital tapatía, entre ruidos de cohetes, salva y música, que festejaban su llegada. Lanzó dos proclamas, una a la población y otra a sus soldados, enalteciéndolos por su valor. Después de restablecer la autoridad civil, puso de nuevo en marcha al ejército para alcanzar a las fugitivas tropas de Degollado. Les dio alcance en las barrancas de Atenquique. Miramón rodeó las posiciones, cruzando barrancas y ríos, y capturando la ciudad de Colima, cortó cualquier posibilidad de retirada por parte de los liberales. El día 25 de diciembre regresó para sorprender al enemigo por la retaguardia y el 26 se enfrentó a las tropas de Degollado en una sangrienta y reñida batalla de una hora y media y que sería la completa derrota de Degollado. El general Ramírez de Arellano, diría de Miramón, años después: "Parecía dichoso en medio de la batalla"
Mientras Miramón combatía a Degollado en Guadalajara, el presidente Zuloaga organizaba una campaña contra Veracruz en donde Juárez había establecido su gobierno. Se formó otro cuerpo de ejército, llamado de Oriente, poniéndose al frente el general Miguel María Echegaray. En noviembre, Echegaray había atacado con éxito el castillo de Perote, en donde estaban fortificados los liberales.
Para el 21 de diciembre Echegaray y sus topas estaban en Ayotla, a sólo unos cuantos kilómetros de la capital, en donde se pronunciaron en contra del gobierno de Zuloaga. Echegaray lanzó un plan nombrado con su propio apellido, en el cual calificaba a Zuloaga de inepto. Dos días después, la guarnición de la Ciudad de México, se pronunció en favor del Plan de Echegaray, y proclamaron al general Manuel Robles Pezuela como su jefe. Viéndose acorralado, Zuloaga dimitió y se refugió en la legación inglesa. Robles Pezuela aceptó la dimisión y quedó provisionalmente al frente del gobierno del país.
Miramón, al enterarse de lo que ocurría en la capital, se indignó y decidió sostener el gobierno de Zuloaga. Se apresuró a organizar una tropa para marchar a la capital. Sin embargo, desconfiando de lo que pudiera encontrar allá, mandó en avanzada a sus hermanos Mariano y Carlos, con el 2do, y 4to, batallón. Para dejar estable el gobierno en Guadalajara, nombró gobernador al general Leonardo Márquez.
El 1 de enero de 1859, se reunió en la capital una junta de notables para resolver las situación del gobierno y nombrar un nuevo presidente de la República. Robles Pezuela obtuvo solamente 46 votos, contra 50 de Miguel Miramón.
En Guadalajara, aun ignorante de que había sido electo presidente, Miramón salió ileso de un accidente que estuvo a punto de costarle la vida. El 10 de enero se incendió el parque almacenado en el Palacio de Gobierno, haciendo volar el edificio. Dos días después del accidente, el 12 de enero, Miramón se puso en marcha rumbo a la capital, al frente de un poderosos ejército. Al llegar a Tepatitlán fue informado de que había sido nombrado presidente .
Una vez en la capital, dejó en claro que: "He venido a esta capital no a ocupar la primera magistratura de la República a que la revolución me llamaba, he venido a indicar al ejército el verdadero camino del honor, a hacer volver sobre sus pasos a las tropas que, sin advertirlo, orillaban a un abismo el orden nacional, a restituir el poder a manos de la persona electa, conforme a un plan político verdaderamente nacional".
Pero Zuloaga era impopular, y él lo sabía. Temiendo que hubiera un nuevo levantamiento se volvía él a tomar el gobierno en sus manos, insistió con Miramón para que aceptara asumir la presidencia de la República. Miguel aceptó y dos días antes de sumir la presidencia, el 2 de febrero de 1859, escribió un manifiesto a la Nación: "No ha muchos días fui llamado a la Presidencia de la República. Resuelto a sacrificarme por mi patria de cualquier manera... no pude aceptar las consecuencias de un pronunciamiento, que pedía a Dios fuese el último que figurara en nuestra historia. Hoy me llama al gobierno la autoridad que tiene poder para ello: Zuloaga y no Robles; hoy se considera mi administración como indispensable... a fin de hacer la campaña de Veracruz y acepto porque mi deseo es ser útil a la patria... Yo protesto que no permaneceré en este puesto, sino el tiempo absolutamente preciso para remover los obstáculos que se presenten para llevar a cabo la reconquista del primer puerto de la República". Miramón encaminó todas las actividades de su gobierno en alcanzar el objetivo que señala en su manifiesto: la reconquista de Veracruz.
El 17 de febrero se puso en marcha rumbo al puerto. Mandaba la división de reserva el general Fernando Casanova. Miramón desconfiaba del general Robles Pezuela, debido a los recientes acontecimientos, por lo que decidió llevarlo consigo, poniéndolo al frente de la división de ingenieros.
Las condiciones en Veracruz no fueron lo que Miguel esperaba. Logró sitiar el puerto, pero su ejército no era numeroso y se vio mermado aun más por la fiebre y la disentería. Los refuerzos que esperaba de la capital, jamás llegaron. Más tarde, Miramón escribió: "Cuando en lugar de recibir los auxilios que imperiosamente necesitaba, o la noticia al menos de su próxima llegada, tuve la de que el más decidido empeño del Ministerio, había sido impotente para proporcionarlos".
El sitio se prolongó hasta el 29 de marzo, estando el ejército sitiador en ínfimas condiciones. Días más tarde escribe Miramón: "Por desgracia la campaña de Veracruz, lejos de tener el éxito brillante que era de esperarse, ha venido ha ser una prueba más de que nada valen los esfuerzos de unos pocos, si no son ayudados por la mayoría". La ineptitud de su gabinete había hecho fracasar el sitio de Veracruz.
Mientras tanto, Degollado, contando con el apoyo de Juárez, tomaba la capital con el propósito de distraer a Miramón y lograr que levantara el sitio de Veracruz. A pesar de que le sitio fue efectivamente levantado, Juárez ordenó a Degollado que continuara con el ataque a la capital.
El 11 de abril, las tropas liberales intentaron entrar a la capital por San Cosme, fracasando rotundamente. El general Leonardo Márquez, que comandaba el ejército que defendía la ciudad, forzó a Degollado a un encuentro en Tacubaya. El encuentro fue muy desventajoso para Degollado, pues solo contaba con seis mil hombres y veinte cañones mientras Márquez atacaba con nueve mil hombres y noventa cañones.
Degollado y su ejército sufrieron una derrota total y Márquez se apoderó de un sinnúmero de prisioneros, tanto militares como civiles. Miramón había dado la orden de fusilar a los militares, que habían pertenecido al ejército conservador y habían desertado pasándose a las filas liberales. Sin embargo, Márquez, por decisión propia, fusiló a cuanto prisionero tuvo a su alcance, entre ellos a un abogado de nombre Jáuregui y a cuatro médicos que prestaban sus servicios a los heridos. Después Márquez se lavó las manos de los sangrientos acontecimientos de Tacubaya, y la opinipón pública culpó a Miramón del asesinato de tantos inocentes. Años más tarde, durante su proceso, Miramón respondió defendiéndose del cargo de la matanza de Tacubaya: "....las ejecuciones ni ordenadas ni autorizadas por mi sino solamente respecto a los oficiales prisioneros pertenecientes al ejército que se habían pasado al enemigo y a quienes se aplicó una ley. La muerte de otros prisioneros me disgustó y la desaprobé y si no castigué la responsable, que fue el general Márquez, fue porque era el vencedor, y se sabe cuan difícil es administrar justicia en México en casos como el que se trata..."
Después del sitio de Veracruz y de la matanza de Tacubaya, Miramón se enfrentó a problemas de política interna y externa, consecuencias de la mala administración de Zuloaga. El ex-presidente había perdido el favor de Estados Unidos pues se había rehusado a aceptar la propuesta del ministro Forsythe de vender a Estados Unidos los estados de Baja California, Chihuahua, Sonora y Sinaloa. El gobierno de Juárez, en cambio, había negociado con el gobierno norteamericano un préstamo de cuatro millones de pesos, de los cuales dos eran para la paga de reclamaciones de norteamericanos residentes en México, a cambio del derecho de paso perpetuo de Estados Unidos por territorio mexicano (Tratado MacLane-Ocampo). Por esta razón el gobierno norteamericano reconocía el gobierno de Juárez como legítimo.
Miramón escribió a este respecto: "Nuestras revoluciones han traído al país a tal estado de debilidad que en un caso dado, en el evento de un rompimiento con una potencia extranjera el honor nacional tendría mucho que sufrir, y esto precisamente cuando los trastornos interiores pueden presentar más fácilmente motivos de queja a las naciones amigas. Por otra parte las tradiciones de la República deben tener siempre en vigilancia al gobierno respecto a la política de la Unión Americana, cuyos últimos actos oficiales deben alarmarnos más seriamente. Yo no pierdo la esperanza de que el conocimiento de los verdaderos sentimientos que me animan, al ver en mi administración un gobierno tan amante de la verdadera libertad, de la civilización y del progreso como el que más, atraiga a la causa del orden las simpatías del gabinete norteamericano".
El escrito anterior es parte de un Manifiesto que publicó Miramón el 12 de julio de 1959, con su programa de gobierno, en el cual plantea por primera vez una nueva noción de gobierno resumida en la siguiente frase: “poca política, mucha administración” Casi al mismo tiempo, Juárez y su gabinete se dedicaban a expedir las Leyes de Reforma, mediante las cuales se confiscaban y nacionalizaban todos los bienes de la Iglesia, lo que corregía y reafirmaba la Ley Lerdo de 1856. Entre otras cosas estas leyes suprimían las órdenes religiosas, se prohibía la fundación de nuevos conventos, se nacionalizaban los cementerios; los libros, impresos, manuscritos, pinturas, antigüedades y demás objetos pertenecientes a las órdenes religiosas, se aplicaban a los museos, bibliotecas y otros establecimientos públicos; quedaban cerrados perpetuamente los noviciados. Se instituía la libertad de cultos y se establecía la separación de la Iglesia y el Estado, reafirmando el concepto de la soberanía absoluta del último.
En cambio en el Manifiesto de Miramón se desconocía la Ley Lerdo: “... sería una equivocación grosera desconocer un elemento poderoso que enardece la lucha desoladora que sacrifica la República: hablo de los intereses cuantiosos, creados como consecuencia de la funesta ley del 25 de junio de 1856. Reconozco la nulidad de esa ley; protesto por mi honor el más alto respeto y la más segura garantía a los intereses de la Iglesia; protesto por mi honor que no seré yo quien mengüe un solo centavo de sus riquezas; protesto sostener vigorosamente sus prerrogativas y su independencia; pero estoy resuelto a adoptar el camino más conforme con nuestras creencias y con los estatutos canónicos, para aniquilar ese germen de discordia que alimentará siempre la guerra civil en la República, y cuento con ser secundado para mi propósito por el sentido recto y e ilustrado del venerable clero mexicano”.