1941m. birželio 14d. rusai okupantai suima ir ištremia į Rusiją keletą Vištyčio mokytojų. Iš vietos įstaigų atleidžiami jų manymu nepatikimi okupacinei valdžiai tarnautojai.
....................
1941 m. birželio 21 diena; 22val.00 min.
Pabaltijo karinės apygardos štabas (12 km. į šiaurės rytus nuo Panevėžio)
Operatyvinis pranešimas Nr. 01K:
".......188-oji šaulių divizija (divizijos štabas - miškas, 14km. į pietus nuo Vilkaviškio m.) randasi Jūrės rajone. Divizija turi 3 batalionus Virbalio - Vištyčio atkarpoje".
.....................
Prasidėjus Didžiajam Tėvynės karui, 1941 06 22 vokiečių artilerija ir karinė aviacija apšaudė Vištytį. Apgriaunama šiaurinė miestelio dalis ir Švč. Trejybės bažnyčia. Žūsta nemažai miestelio gyventojų. Sovietų pasienio kariuomenės dalinys buvo sumuštas, Vištytis atsidūria vokiečių rankose. Vermachtui galutinai užėmus miestelį, jau pirmąją karo dieną buvo sušaudyta 12 žmonių. Vokiečių slaptoji policija (Gestapo) suima Vištyčio kleboną Jurgį Prancevičių ir įkalina jį Dachau koncentracijos stovykloje.
.....................
1941 m. birželio 22 diena, 12.00 val.
Pabaltijo karinės apygardos Nr.03 štabo žvalgybinis pranešimas:
" Po artilerijos paruošimo priešų karinės oro pajėgos pažeidė valstybinę sieną ir nuo 1941 m. birželio 22 dienos 4 val. 15 min. vykdė išpuolius ir mūsų teritorijoje bombardavo eilę objektų. Aviacijos antskrydžių metu buvo bombarduojami Šauliai, Jurbarkas, Kaunas, Panevėžio aerodromas. Tą pačią birželio 22 dieną 4 val. 18 min. 5 vokiečių lėktuvai apšaudė Vištyčio miestelį. Tie pat 5 lėktuvai veikė ir virš Kalvarijos. Nuo 5 val. 25 min. priešų pėstininkai ir tankai perėjo į puolimą.
Antra. Kauno - Vilniaus kryptis.
a) 9.00 val. Jurbarko - Vištyčio sektoriuje priešas atidarė frontą: Šakių kryptimi puola pėstininkų pulkas; Naumiesčio, Kybartų, Virbalio kryptimi - 2 pėstininkų pulkai. Vištyčio kryptimi puola nenustatyto skaičiaus vokiečių pėstininkų pajėgos.
b) fronto sektoriuje Vištytis - Kopcevo pagrindinį smūgį priešas vysto smogia Alytaus kryptimi...Iki 500 vokiečių tankų prasiveržė Lazdijų kryptimi. Kopcevo užėmė pėstininkai."
Štabo viršininkas generolas-leitenantas Klionovas;
Žvalgybinio skyriaus viršininko pavaduotojas plk. Kašnikovas.
............................
TSRS liaudies gynybos komisarui
1941m. birželio 22 diena 06.10
04.00 22.6.41 vokieciai pradėjo karinius veiksmus...Priešų tankai juda Tauragės kryptimi.Pėstininkai juda link Šakių (maždaug pulkas), link Vištyčio ir Kalvarijos (skaičius tikslinimas). Įsakiau priešą kontratakuoti ir paimti į nelaisvę...
Pabaltijo karinės apygardos vadas F. Kuznecovas
............................
Raudonosios Armijos generalinio štabo viršininkui
Žvalgybinis pranešimas Nr. 04K 18.00 22.6.41
Dienos eigoje priešas tęsė puolimą visame fronte. Puolime dalyvauja 16-17 pėstininkų divizijų, 2 tankų divizijos, 4 motorizuotos divizijos. Aktyviausia veikiama Šiaulių....ir Kauno-Vilniaus kryptimi Vištyčio ir Lazdijų rajone.
Fronto štabo žvalgybinio skyriaus viršininkas plk. Safronovas
.............................
1941m. birželio 22 - 25 diena. Kare prieš Rusiją vokiečių karinė vadovybė ypatingą dėmesį skyrė Leningrado užėmimui. Leningrade buvo Baltijos karinis jūrų laivynas ir vienintelė Rusijoje sunkiųjų tankų gamykla. Leningrado užgrobimo svarbą ypač akcentuodavo Hitleris. Šiam tikslui pasiekti buvo svarbu sumušti rusų kariuomenę Rytų Prūsijos pasienyje ir užimti Pabaltijį. Šiame regione vokiečiai sukaupė didžiules karines pajėgas. Vokiečių Armijų grupė "Šiaurė", veikusi Daugpilio, Pskovo, Leningrado kryptimi, buvo dislokuota atkarpoje nuo Klaipėdos iki Vištyčio ežero. Į pietus nuo "Šiaurės" kita armijų grupė "Centras" buvo dislokuota tarp Vištyčio ir Ostrolenkos miesto Lenkijoje. Šioje 270km. ilgio Vištytis - Ostrolenka atkarpoje buvo sutelktos didžiulės vokiečių pajėgos: 3-ioji tankų grupė ir du 9-osios vokiečių armijos korpusai, kuriems priešinosi 11-oji Pabaltijo karinės apygardos armija. Šių pajėgų uždavinys buvo smogti Minsko kryptimi. Vokiečių pajėgos, veikusios ir Vištyčio rajone 4-5 kartus viršijo besiginančias rusų jėgas. Strategine prasme Vištytis buvo ta vieta, kur ribojosi dviejų Armijų grupių "Šiaurė" ir "Centras" flangai (Klaipėda - Vištytis - Ostrolenka).
Vištyčio rajone karo pradžioje iškart veikė 4 vokiečių pėstininkų divizijos. Viena iš jų, o būtent 121-oji prieštankinė divizija, veikė kaip tik šia kryptimi (>>). Vermachtui užėmus Vištyčio miestelį, jau pirmąją karo dieną buvo pradėtas nekaltų žmonių žudymas. 1941 07 14 prie Ilgojo kalno - sušaudyta apie 80 sovietinės vietos valdžios, partijos ir komjaunimo veikėjų, o 1941 09 09 - visi miestelio žydai (>>); iš viso tuo metu Vištytis neteko apie 220 žmonių.
Karo laikotarpiu Vištytyje buvo įkurtas žmonių pervežimo į Vokietiją tarpinis punktas. Per jį į Vokietiją buvo išvežta apie 4 000 žmonių, kurie dirbo Vokietijos gamyklose ir žemės ūkyje. Kiti atsidūrė koncentracijos stovyklose.
Grįžę iš Vokietijos miestelio repatriantai atgavo ankstesnes savo sodybas, iš jų buvo iškeldinti ten sovietų okupacijos metu įsikūrę žmonės. Iš viso per 1941m. ir vėliau į savo ūkius ir sodybas Vištytyje ir jo apylinkėse sugrįžo net 852 vokiečiai repatriantai. Vištytis pagal šį rodiklį pirmavo ne tik Marijampolės rajone, bet ir visoje Lietuvoje.
1944m. spalio 22 dieną Višytį užėmė Raudonosios armijos 157-oji šaulių divizija, kuriai vadovavo pulkininkas Nikolajus Kusakinas.
.......................
1944 m. spalio 23 diena (iki pergalės liko 194 dienos). Sovietų "Informbiuro" praneša:
" 3-iojo Baltarusijos fronto karinės pajėgos, pereidamos į puolimą, palaikant masyviems artilerijos ir aviacijos smūgiams, pralaužė gilią vokiečių gynybą, kuri dengė Rytų Prūsijos sienas ir 50km. frontu bei 30km. gyliu įsiveržė į Rytų Prūsijos teritoriją. Puolimo metu fronto daliniai užėmė gerai įtvirtintus priešo gynybinius punktus - Naumiestį, Virbalį, Kybartus, Eitkūnus, ....., Vištytį, ...Rominten, Goldapę, Vižainį, Suvalkus, Žitkiemį. Įnirtingų mūšių metu buvo užimta apie 900 gyvenviečių, iš kurių 400 yra Rytų Prūsijos teritorijoje".
.......................
Mūšių už Vištytį metu žuvo daugiau nei 200 rusų karių, kurie buvo palaidoti Vištyčio karių kapinėse (>>). 1944 m. vokiečiams traukiantis, per mūšius su juos persekiojusios Raudonosios armijos daliniais dalis Vištyčio sudegė, vėl kaip ir 1941m. nukentėjo bažnyčia. 1944m. gruodžio 5d. iš 7 narių sudarytas Vištyčio valsčiaus vykdomasis komitetas. Pirmininku išrinktas Stasys Juodišius. 1944m. gruodžio 6d. Vištyčio valsčiuje sudarytos 5 apylinkės - Vištyčio, Vištyčio laukų, Pavištyčio, Totorkiemio, Pakalnių. 1945m. spalio 1d. Vištytyje įkuriama progimnazija veikusi iki 1949 metų. 1945m. vykdomojo komiteto susirinkime svarstyta dėl kūlokų sabotavimo ir nutarta visus atiduoti teismui. 1945m. birželio 24d. Vištyčio valsčiaus vykdomojo komiteto pirmininku paskiriamas karo veteranas Vincas Čemerka. Tais pat metais įkuriamas pieno kooperatyvas, įsteigiamas mašinų ir arklių nuomos punktas, veikęs iki 1947m.
Pagal 1945 ar 1946 m. Raudonosios armijos generalinio štabo žemėlapyje pateiktą miestelio schemą (>> pav.) (>>) galima spręsti apie apstatytą teritoriją - ji teužėmė apie 20% XIX a. viduryje buvusio ploto.
