Um ano após o fim da primeira fase de Rayearth, as garotas Lucy, Marine e Aine estão vivendo uma vida normal e tranqüila na Terra. Quer dizer, nem tão tranqüila. O fato é que elas, principalmente Lucy, não conseguem esquecer o trágico desfecho que teve sua última aventura, que culminou na morte de Zagar e Esmeralda. Nesta segunda fase, elas são transportadas novamente para Zefir mas o estranho é: quem as transportou desta vez? Breve elas irão descobrir... Zefir agora está sendo ameaçada pelos seus planetas vizinhos Autozan, Fallen e Tizeta, que enviaram seus principais líderes para cumprirem um objetivo: se tornar o novo pilar de Zefir. Isso sem contar com a nova vilã da série, Devonera, que também deseja se tornar o pilar e transformar Zefir em trevas! Devonera é na verdade o fruto do medo e da insegurança dos habitantes de Zefir, que passaram desenvolver sentimentos negativos após a morte de Esmeralda. As batalhas têm início, e Lucy terá que novamente enfrentar a si mesma, se quiser salvar sua vida e a de seus amigos... Por fim o grande mistério é resolvido: quem convocou as guerreiras mágicas de volta para Zefir foram elas próprias, por causa do seu desejo de que Zefir agora tenha realmente um final feliz.

Lantis

É o irmão caçula de Zagard e desapareceu misteriosamente antes da princesa Esmeralda ser raptada. Ele só aparece na segunda fase da série. Pode usar tanto a magia quanto a sua espada, poderoso o rapaz! Acaba se apaixonando por Lucy e é de fundamental ajuda para as guerreiras mágicas.   

Devonera

O fruto do medo, da angústia e todos os sentimentos negativos dos habitantes de Zefir, que passaram a se sentir acuados e inseguros sem Pilar de Zefir. A vilã da segunda fase irá dar muito trabalho para as nossas meninas e só a coragem, a força e a união de todos conseguirão destruí-la.  

Nova

Assim como Devonera é fruto da angústia e do medo, Nova é o lado perverso e negativo de Lucy. E seu objetivo é matar a todos os que Lucy ama ou se preocupa, e inclusive a própria Lucy! Nova também tem um robô, o Regallia.

Primera

A fadinha que um dia Lantis salvou na floresta e que agora é apaixonadíssima por ele. Por isso ela morre de ciúmes da Lucy. Mas ela conquistou um fã: Mokona. O bichinho adora bancar seu protetor. Primera tem o poder de curar pequenos ferimentos.

Eagle Vision (Águia)

O comandante da nave NSX e cabeça das forças militares de Autozan. Águia é um excelente guerreiro, piloto e estrategista. Está sempre sorrindo, adora doces e é gentil quando não está em combate. Rivaliza com Lantis na preferência das fãs. E por falar em Lantis os dois são velhos conhecidos. Seu robô é o FTO, mas este não tem vida própria, como os robôs das guerreiras mágicas. 

Geo Metro

Braço direito de Águia e subcomandante da NSX. Além de seguir fielmente as ordens do chefe, Geo se preocupa muito com ele também. Seu robô é o GTO, que também é totalmente mecânico.

Zas

O garoto é o mecânico particular de Águia, e é ele quem inspeciona as condições do FTO. Quando Lucy estava a bordo do NSX, Zas até lhe passou umas cantadas sutis, dizendo que ela fazia seu tipo e que era mais velho. 

Tetra

A princesa temperamental do planeta Tizeta. É decidida e tem auto-confiança. Junto com sua irmã Tatra pode controlar seus Gênios (que mais parecem ter saído da lâmpada mágica de Alladin). Vive irritada com as maluquices da irmã e, apesar de ser uma excelente guerreira, foi derrotada num duelo com Marine.  

Tatra

A irmã mais velha e maluca de Tetra. Tatra adora coisas “bonitinhas” e apesar do seu jeito meigo e educado, é mais forte que sua irmã quando está em combate. Na maior parte do tempo comporta-se com uma “cabecinha-de-vento”.

Aska

A princesa mimada e teimosa de Fallen. Quando ela diz “Eu quero! Eu quero!” não tem quem a segure. Ela queria se tornar o Pilar de Zefir para ser bela e graciosa como Esmeralda, mas Aine a convence a desistir da idéia, e Aska se torna uma grande aliada de Zefir.   

Yong

O garotinho com cara de enfeite de árvore de natal é o fiel servo de Aska, sempre seguindo suas ordens e atendendo seus caprichos. Porém, mesmo com seu jeito tímido, ele conquistou o coração da princesa de Fallen.