O Presidente López se encontrava nesse tempo no acampamento de Cerro León, trinta e cinco milhas da capital. A fatídica carta, trazida pelo próprio vapor, foi lhe entregue pela manhã do dia 11, e a partir deste momento, durante cinco terríveis anos, não existiria paz no Paraguai. Nesta tarde, algumas horas depois de o Marquês ter deixado o porto, uma ordem foi enviada através do trem, o mais rápido que os motores pudessem levá-la, para que o vapor paraguaio Tacuari partisse em perseguição do Marquês de Olinda e fazê-lo retornar para Assunção, com instrução de capturá-lo a força em caso de resistência. Tão logo recebera a ordem, a todo vapor, Tacuari partiu e sendo este mais rápido, o Marquês de Olinda foi alcançado no dia seguinte, antes dele atravessar a fronteira paraguaia; na noite seguinte os dois navios encontravam se ancorados lado a lado no porto de Assunção. As pessoas a bordo do navio brasileiro estavam terminantemente proibidas de se comunicar com as pessoas em terra.

              Ao saber desse fato, o Ministro brasileiro imediatamente dirigiu uma nota ao Governo paraguaio pedindo explicações, sendo que no dia seguinte, em 14 de novembro, recebeu a resposta, junto com uma nota datada de dois dias atrás, em que o Ministro dos Negócios Exteriores, Berges, formalmente declarava que a relação de amizade existente entre os dois países tinha cessado, pela conduta brasileira de ter invadido a República Oriental. Esta nota, evidentemente, não foi escrita até a tomada do Marquês de Olinda e até esta data o Paraguai não considerava declarar guerra ao Brasil. A captura do vapor foi uma idéia tomada depois e a nota para Vianna de Lima, com data de dois dias atrás, foi somente uma forma estúpida de dar uma aparência legal para uma ação atroz e fora da lei. O presidente de Mato Grosso foi mantido prisioneiro, assim como o engenheiro militar, o comandante e a tripulação do vapor. Todos eles estavam destinados a jamais verem novamente seus amigos ou sua pátria, mas morrer na prisão sob terríveis torturas. O Ministro brasileiro em Assunção não tinha autorização de manter comunicação com eles. Depois de alguns dias de detenção a bordo do vapor, todos eles, com excessão dos engenheiros que tinham outras nacionalidades, foram transferidos para barracas montadas próximo às margens do rio e depois de algumas semanas foram mandados para o interior do país e desde então muito pouco se soube sobre eles. Soube-se, apenas,que por longo tempo foram mantidos como prisioneiros vigiadíssimos e dado a eles "o tratamento paraguaio", sob esta condição, foram arrastados, torturados, submetidos a longos períodos de miséria, até que todos finalmente morreram em consequência das torturas e fome.

              Para dar uma aparência regular à tomada do Marquês de Olinda, uma Corte do Almirantado foi improvisada para decidir sobre a legalidade da captura. Os trabalhos desta Corte nunca foram publicados e, é seguro afirmar, que os membros que a compuseram não tinham a menor idéia do que significava esta Corte. A parte acusada não foi representada, nenhum oficial, tripulação, ou passageiro foi permitido estar presente ou dar seu testemunho; jamais foi dado conhecimento público, exceto para os governantes paraguaios, quais foram os integrantes desta Corte. Para conhecimento público, saiu publicado no Semanário, orgão de imprensa do Governo paraguaio, um artigo noticiando que a tomada do vapor seria julgada por uma Corte. Artigo este assinado por Don Andres Gill, Chefe de Justiça do Paraguai e, depois, foi editada a condenação do vaso brasileiro como preço de guerra. Pela lei orgânica do Paraguai, todos e quaisquer casos estão sujeitos ao apelo do Presidente e o julgamento foi apenas uma farsa para dar face legal às determinações de López. Nesse caso, é muito seguro afirmar, que todos os passos tomados seguiram ordem direta de Lõpez e que se algum membro da Corte emitisse alguma opinião contrária quanto à legalidade dos procedimentos, passaria a próxima noite na prisão.