Hristo Stoichkov ha tenido una larga trayectoria futbolística. Empezó en el año 1981 en el Maritza Plovdiv, equipo de su ciudad natal que militaba en la segunda división.

En 1982 fichó por el Zhevros Jarmanli equipo de la segunda división en el que pasó dos temporadas. En el año 1984 fichó por el CSKA Sofía, el mejor equipo de la liga búlgara. Esto supuso su salto definitivo a la primera división. Durante la siguiente temporada el equipo estuvo sancionado y todos sus jugadores también . Pero en el año 1986 el equipo cambia de nombre y Stoichkov pasa a formar parte del Sredets. Hasta el año 1989 en el que el equipo pasa a llamarse de nuevo CSKA Sofía. Esta será la última temporada que pasa en el fútbol búlgaro puesto que un año después y de la mano de Johan Cruyff, Stoichkov da el salto definitivo al fútbol europeo, fichando por el F.C.Barcelona, equipo donde se pulirá este diamante en bruto. Lo ganará todo con el Barça hasta la temporada 1995 en la que por problemas internos con ciertas personas del club Hristo se marcha al Parma italiano, en el que militará durante un año, para volver al equipo de sus amores, el F.C.Barcelona.

En la temporada 1997-98, y nuevamente por problemas con la junta directiva, Hristo abandona definitivamente el Barça para volver al equipo búlgaro que lo hizo crecer, el CSKA Sofía.