Die Wohnhöhlen sind einzeln oder in Gruppen über die strandnahen Bereiche des Westufers verteilt. Sie sind nach keinem "Gesamtplan" errichtet worden, folgen jedoch der natürlichen Schichtung (Bankung) des Gesteins.

Bis in die sechziger Jahre des 20. Jahrhunderts war Matala ein kleines und abgelegenes Fischerdorf, dem der Tourismus kaum Interesse zuwandte. Das änderte sich mit den sechziger Jahren des 20. Jahrhunderts. Matala und die wenig beachteten antiken Wohnhöhlen wurden von Aussteigern und Hippies "wiederbesiedelt". Die "Blumenkinder" läuteten in Matala das Popzeitalter ein, leider auch die Devastierung der Höhlen. Die freizügige und ökonomisch unabhängige Lebensweise, fehlende sanitäre Einrichtungen, ein gewisses Desinteresse an der historischen Überlieferung und Drogenkonsum zogen die Anlage arg in Mitleidenschaft. Die Höhlen wurden außerdem mit Mandalas und anderen Darstellungen "künstlerisch dekoriert".