ΤΟΥΡΚΟΚΡΑΤΙΑ - ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΕΠΑΝΑΣΤΑΣΗ
Η Σαλαμίνα πέφτει στα χέρια των Τούρκων περίπου το 1462. Το 1670 φτάνει στο νησί ο Μεγαρίτης Λάμπρος Κανέλλος, μετέπειτα Άγιος Λαυρέντιος, ο οποίος αναστηλώνει το μοναστήρι της Φανερωμένης. Το 1688 - 1689 κατά τη διάρκεια του Βενετοτουρκικού πολέμου, οι Βενετοί μπήκαν στην Αττική, πολιόρκησαν την Αθήνα και βομβάρδισαν την ακρόπολη. Οι Αθηναίοι για μια ακόμη φορά αναγκάστηκαν να καταφύγουν στη Σαλαμίνα. Από τότε έμεινε γνωστή η φράση "πήγε η ψυχή μου στην Κούλουρη". Τη Σαλαμίνα επέλεξε για ορμητήριό του ο Μητρομάρας, γύρω στο 1770, που είχε γίνει ο φόβος και ο τρόμος των Τούρκων, οι οποίοι, αφού τον κυνηγούσαν για πολλά χρόνια κατάφεραν τελικά να τον σκοτώσουν.
Το 1820 απεσταλμένος της Φιλικής Εταιρίας μύησε τον ηγούμενο της Φανερωμένης Γρηγόριο Κανέλλο, καθώς και τους Αναγνώστη και Αντώνη Μπιρμπίλη ή Βιρβίλη. Πολλά προσέφερε στην οργάνωση του αγώνα ο Γεωργάκης Γκλίστης που πολιόρκησε και κατέλαβε την Ακρόπολη με τους άντρες του, πολλοί από τους οποίους ήταν Σαλαμίνιοι.
Στην παραλία της Σαλαμίνας, απέναντι από τη σκάλα τη μεγάλη, είχε το στρατηγείο του ο Γεώργιος Καραϊσκάκης.
Σημαντική βοήθεια στον αγώνα προσέφερε και το μοναστήρι της Φανερωμένης. Εκεί μεταφέρθηκε η βιβλιοθήκη της Αθήνας, ενώ παράλληλα στέγαζε και σίτιζε Αθηναίους και άλλους πρόσφυγες. Υπήρξε περίοδος που σιτίζονταν στη μονή 75000 άτομα.
Οι οικονομικές δυσκολίες ανάγκασαν το μοναστήρι να πουλήσει το μετόχι του, το Κερατσίνι, προκειμένου να ανταποκριθεί στο μεγάλο έργο που είχε αναλάβει. Έγινε καταφύγιο αγωνιστών, ανάμεσά τους και ο Γεώργιος Καραϊσκάκης, έγιναν εκεί πολλά πολεμικά συμβούλια και γενικά έπαιξε πρωταγωνιστικό ρόλο κατά τη διάρκεια της επανάστασης. Για το λόγο αυτό θέλησε να το καταλάβει ο Κιουταχής. Παρόλο που χρησιμοποίησε πολύ στρατό δεν το κατάφερε . Αυτό αποδίδεται στην Παναγία.
Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας αρχίζει η οικονομική ανάκαμψη του νησιού. Η εγκατάσταση του ναύσταθμου, αρχικά, το 1878, απέναντι από το μοναστήρι της Φανερωμένης, και αργότερα, το 1881, στη θέση που βρίσκεται και σήμερα βοήθησε πολύ τους ντόπιους, αφού δημιούργησε πολλές θέσεις εργασίας.