Etter at tyrannen Ganon var slått (a link to the past) frykter innbygerne i Hyrule for hva som kan dukke opp fra Ganon's aske.

De reiser ut i en båt for å flykte i håp om en annen og fredeligere fremtid.

Men så bryter det ut en forferdelig storm underveis og lynet slår ned i båten.

Link besvimer naturligvis, og bølgene slår ham inn på en strand.

En jente med navn "Marin" finner ham og prøver å vekke han, men han våkner ikke, så hun tar ham med seg til huset der hun og "Tarin" bor.

Så våkner Link, og når han ser Marin tror han det første øyeblikket at det er Zelda.

Men da forklarer hun at hun heter Marin, og at han har kommet til en øy som heter Koholint.

Så får han tilbake skjoldet sitt av Tarin som har tatt vare på det.

Han forteller også at det ligger noen flere av hans eiendeler nede på stranda, og riktignok finner han sverdet sitt på samme sted som han strandet.

Plutselig kommer det en ugle og setter seg like ved siden av ham.

Den forteller at Koholint er en veldig mysterisk øy, og at det er veldig vanskelig å forlate den hvis man først har kommet dit.

Den som vil forlate Koholint-øya må vekke "the Wind-Fish" som sover trygt og godt i det store egget sitt på toppen av fjellet "Tamaranch" som ligger helt lengst nord på øya.

For å vekke ham må man spille på de åtte hellige instrumentene foran egget. (Dette betyr selfølgelig at du må gjennom åtte "templer" for å få alle sammen)

Så begynner eventyret...