En los inicios de la XVIII Dinastía lo encontramos como
Amen-Ra-Herakty-Atum.
Estaba asociado directamente a la realeza, y las decisiones del Rey dependían de los deseos del dios el cual se manifestaba por medio de los sacerdotes cercanos al Faraón, y lógicamente era imposible lograr el título de faraón sin la autorización del dios Amen .
La importancia que gozaba en la región de Tebas fue tal, que los sacerdotes llegaron a acumular un poder equivalente al del faraón, funcionando como una especie de estado independiente que regulaba las actividades del Faraón evitando injusticias y procurando un gobierno ecuánime no solo en Tebas , sinó que también en toda la tierra del Kem (Egipto).
En el periodo eb el cual Egipto fue gobernado por Reyes Griegos, a Amen se le dio el nombre de "El Eterno".
Así los Ptolomeos continuaron con su culto hasta que Ptolomeo IX Soter, para sofocar una rebelión nacionalista arrasó Tebas asestandocon esto un golpemuy duro al culto de Amen.
En el año 27 antes de nuestra era un terremoto devastó los templos de Tebas comenzando a partir de ese momento a fortalecerse el culto de Isis y Osiris ,al cual poco a poco, se le fue revistiendo con los atributos del dios Amen.
A través de la historia lo vemos aparecer como hijo de Maat y Thot, y miembro de la tríada tebana, como esposo de Mut y padre de Komsu. La forma común de representarlo era como un hombre con barba, coronado con dos plumas altas con secciones de color rojo y verde alternados, o rojo y azul; portando un gran collar, un faldellín del que cuelga la cola de un animal, brazaletes y en su mano derecha sosteniendo un ankh y en la izquierda el cetro.
Bajo esta forma su título es "Amen-Ra, señor de los tronos de las dos tierras" algunas veces, en vez del ankh lleva un cuchillo de guerra o bien aparece como un carnero de cuernos retorcidos, también lo vemos representado como el disco solar alado .
Otra forma en la que aparece es con cabeza de halcón o de hombre coronado por el disco solar rodeado por una serpiente, como "Amen-Ra-Atum" en Tebas, cuando ante él se halla el ankh, al que se le ha dado brazos y piernas, ofreciéndole flores de loto, es el dios de Heliópolis y Tebas.
También se lo representa como otros dioses itifálicos, representando con esto la capacidad creadora,como en el caso de Amón-Min-Kamutef, llamado "El toro de su madre", pareciendo una adaptación del dios Min (Itifálico) de Coptos, se integraba con Nut al mediodía, envejecía en la atarde y moría por la noche, volviendo a nacer por la mañana en la forma de un ternero, también se le representaba bajo este aspecto con la piel negra, como"El Dios creador, y de la fertilidad."
En otras formas aparece con cabeza de cocodrilo, como "Administrador de la vida de Ra y los años de Atum", o en forma de ganso, aludiendo al "Dios creador que puso el huevo del que nació el sol", asimilado a Geb ( La Tierra); o con cabeza de rana, como pareja de Amenet; o con cuerpo de escarabajo y alas de halcón, piernas, y garras de leóno bservándolo en esta forma en el periodo ptolemaico. Cuando aparece con la piel azul, es el dios celeste o del aire.
Lleva en la cabeza una corona con dos plumas, símbolo de la poralidad, cada pluma se divide en siete partes; de la corona cuelga una cinta roja que llega hasta el suelo y que es característica de este dios.
En el templo de Opet en Karnak aparece como pájaro itifálico con cabeza humana descendiendo sobre el cuerpo de Osiris, por lo que se ha interpretado que aquí representa el BA, espíritu, del dios de los muertos.
Muchos de los nombres que recibe son de origen nubio y mucho artás, Amen-Ra fue identificado con todas las formas de Horus, Ra y Osiris, tomando también como suyos sus padres, madres, esposas e hijos. Siendo también identificado con Montu, dios guerrero de Tebas.

A medida que transcurría el tiempo este dios fue introduciéndose en la figura de los dioses principales, que se convirtieron en emanaciones de Amen, denominándose "El dios único que se convierte en millones". Uno de los nombres por el que era designado es "Aquel que habita en todas las cosas", nombre que pauta su importancia como Dios Universal .
De esta forma, en Tebas ( Alto Egipto ), se elaboró un sistema cosmogónico para darle una antigüedad mayor que la de los otros dioses, representándosele como responsaable y creador de todos los demás, así se le hizo jefe de la Eneada; El surgió del huevo situado en la colina surgida en medio de las aguas primordiales.
Durante el Imperio Nuevo se le identificó con el Amen de la Ogdóada de Hermópolis, donde era pareja de Amenet, representando lo oculto e inaccesible ; y los sacerdotes comenzaron a enseñar acerca de deidades ligadas a Amen como, dos serpientes llamadas Kamutef e Ir-ta, quesignificaban emanaciones anteriores de Amen.
Es en la teología Menfita en donde encontramos la creación del mundo a través de la palabra surgida de los labios de Amen, de la misma forma que en el Génesis hebreo; y también, se lo presentaba como una trinidad en la que Amón es su nombre, Ra es su cara y Ptah su cuerpo
( Uno que es tres y tres que son uno ).
Tiempo después Tebas fue convertida en la colina primigenia, donde mas tarde se alzaría el Colosal templo de Karnak.
Luego, las influencias hermopolitanas llegarían a prevalecer, por lo cual encontramos a la Ogdóada como originaria de Tebas,
trasladándose luego a Hermópolis .
Con la reforma religiosa del "Hereje Akenatón", Amen sufre el ataque de esta ignorante y oscura época pasando obligatoriamente al anonimato debido a que la "reforma" prohibía la creencia en él; luego al terminar la dictadura religiosa impuesta por Akenatón, recuperó su lugar de Dios Cósmico y Universal cuya autoridad se extendía por todo Egipto.