| 「MOON GATE的覺醒」這人為的鬧劇（註1）雖然為「月門行動（Operation Moon Gate）」所平息，但DN社也失去了9間工場其中3間的控制權，遺跡超技術（OT）和電腦戰機（VR）因此公開。而DN社軍隊DNA（註2）和敵對勢力RNA對VR開發據點9間工場（註3）所有權引發出的爭端也毫無休止的跡象。 V.C.00a4年，事態發展到另一高峰，以時空因果律制御機構「TANGRAM」為根幹的第9工場突然自現實空間中消失，失去了這個連MOON GATE都能控制的工場，地球圈（註4）可說陷入絕大的危機中。 由於找出並將之取到手的話，便能在這混亂膠著的狀態中取得主導權。隸屬於DNA與RNA的VR戰隊便各自以前所未有的規模，在各地進行「尋找TANGRAM」的行動。現在，新的戰鬥幔幕已隨之展開……
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