El planeta se hallaba en una guerra mundial, pero en el año 1999 una nave alienígena atraviesa la atmósfera y se estrella en la isla de South Ataria dejando mucho daño a su paso. Esto provoca que la raza humana resuelva sus diferencias ante el conocimiento de una raza con tecnología muy avanzada. El gobierno de la Tierra Unida destina todos sus recursos para reconstruir la fortaleza de batalla. Remodelándola, aprenden la tecnología alienígena y la aplican en la construcción de nuevas naves y tanques de combate. Después de diez años la reconstrucción concluye y bautizan a la nave: Super Dimensional Fortress Macross  (Fortaleza Super Dimensional Macross).

La ciudad de Macross que fue edificada alrededor de la fortaleza durante su desarrollo, celebraba su vuelo inaugural y antes de que la nave Super Dimensional Fortress One (SDF-1) pudiera despegar, una raza alienígena, los Zentraedi, hacen su aparición para recuperar la nave espacial que hacía  tiempo que andaban buscando. Los poderosos alienígenas habían estado luchando con los creadores del SDF-1 y la fortaleza era el último vestigio de su avanzada tecnología. Los Zentraedi querían apoderarse de la nave para poder conocer sus secretos y por esa razón la isla es atacada. El resto es lo que vemos en la serie.

Los Zentraedi eran una raza de guerreros producto de una avanzada sociedad llamada Protocultura, la cual estaba muy avanzada en ingeniería genética. En una de las expediciones de esta avanzada sociedad una de las naves llegó temporalmente hasta el tercer planeta del Sistema Solar, la Tierra. Estos seres reconstruyeron genéticamente la vida nativa de este planeta, naciendo así el Hombre. Los creadores dejaron el lugar para volver a su planeta natal, esperando regresar a la Tierra en un futuro, pero una gran guerra interna hizo que naves opositoras destruyeran la nave en que ellos viajaban, perdiéndose toda la información sobre la existencia del planeta Tierra y de sus seres humanos sólo quedaron leyendas. En el transcurso de la serie se dan a conocer estos hechos.

Los Zentraedis fueron creados para proteger a esta civilización. Y junto con ellos también fueron creadas las Meltrandis, la versión femenina de éstos, entre los cuales surgió un conflicto.  Los Zentraedi no tenían cultura, no fraternizaban y no conocían el amor, puesto que eran clones y no lo necesitaban. De alguna manera se alejaron de sus creadores y por cientos de años no tuvieron contacto con la cultura, excepto la guerra. 

La vida diaria y las pasiones de los humanos comenzaron a afectar a los Zentraedi. Empezaron a temer a la humanidad ya que los soldados Zentraedis en contacto con ella perdían las ganas de luchar, lo único que justificaba sus vidas.

Viendo la corrupción de las tropas, el mando supremo decide abandonar su intento de recuperar la fortaleza y ordena la aniquilación de la raza humana. En la última batalla la alianza humano-zentredi resulta vencedora sobre las fuerzas de Bodolza, sin embargo la Tierra queda destruida en un 97%.

La historia continua con los humanos reconstruyendo el planeta y compartiendo sus vidas con los Zentraedi. Teniendo como último gran enfrentamiento con ellos la acción suicida de Quamzin Kravashera de dirigir su nave hacia Macross City para destruir a el SDF-1. Quamzin, junto con la Zentraedi Lapramis, se suicidan al estrellar su nave con la fortaleza. El almirante Bruno J. Global logra sacar en una cápsula de escape a los miembros del puente y poco después se hace público el proyecto de colonización hacia las estrellas.

De la serie también se hizo en 1984 una película llamada Macross: Ai Oboete Imasuka (conocida acá como Macross: Do you remember love?) que era un reinterpretación de la historia, compactando los sucesos o narrándolos desde otra perspectiva.

En 1987 el grupo creador de la serie, Studio Nue, le dio su último adiós a esta etapa de Macross con la realización de un video musical llamado Macross: Flashback 2012, que era básicamente un concierto de Minmay despidiendo a la nave Megarodo 01 que parte hacia el espacio en busca de otros planetas para habitar como parte del programa de evacuación de la Tierra.

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