La construcción de este monasterio se remonta a la dinastía Song (960-1279), aunque sería en 1736, tras la destrucción del Monasterio de Henan cuando cobraría protagonismo como segundo monasterio Shaolin. Al parecer estaría ubicado en Jiu Xiaolian Shan (Montaña de los nueve pequeños Nenúfares).

Existen diversas versiones sobre este Monasterio. Según unos, serían los cinco ancestros quienes fundaron este monasterio de Shaolin; otros amplian esta opinión argumentando que lo hicieron con la ayuda de otros dos monjes llamados Yun Chong y Tsi Kong; para otros su fundador pudo haber sido Ta Zunshen, de quien dicen que cortaba troncos de madera con sus propias manos. Ninguna de estas versiones aclara si se trata de la construcción del Monasterio como edificio, o si se refieren a la fundación como Shaolin.

Durante la dinastía Qing, el Emperador reclamó la ayuda de los monjes Shaolin de Fujian para sofocar una rebelión en el Tíbet, en la cual participaron con gran éxito treinta y seis monjes. Puede tratarse de la rebelión protagonizada por los dzúngaros en el Tíbet, los cuales fueron exterminados por las Banderas de los Qing entre 1757 y 1758.

En cualquier caso, en 1768, en medio de un clima de sublevación campesina alentada por la Sociedad de Loto Blanco, en respuesta a la implantación de unos impuestos abusivos, el templo de Shaolin de Fujian habría sido totalmente destruido. Parece ser que este monasterio albergaba a un sucesor de la dinastía Ming llamado Zhu Dehou, quien habría convertido el recinto en una auténtica fortaleza y bastión de los revolucionarios antimanchúes, razón añadida para ser destruido por la desconfiada dinastía manchú.

Según otros, la destrucción de este Monasterio ocurrió en 1774, coincidiendo además con el inicio de una "inquisión literaria" dispuesta a destruir todo lo alejado de la ortodoxia confuciana.

De esta destrucción escaparon seis monjes. Uno de ellos fué Choy Fok, que enseñaría a Chan Heung, fundador del Choy Li Fut; otro fue Hung Hei Kung (fundador del Hung Gar), monje este que (según la leyenda) no llegó a pasar las famosas pruebas prescriptivas que se exigían a los monjes para salir del monasterio, convirtiéndose en un personaje imprescindible a la hora de analizar la influencia y divulgación del Shaolin de Fujian fuera del monasterio. Estos monjes que lograron salvarse huyeron a ciudades del sur principalmente, extendiendo el estilo del Monasterio Shaolin de Fujian por todo el sur de China. Gracias a estas bases se crearon las "famosas" cinco familias del sur:

• Hung Gar
• Choy Gar
• Li Gar
• Mok Gar
• Lau Gar

Estos estilos (y otros, como Mantis religiosa sureña o Boxeo del Dragón) fueron desarrollados en base a las técnicas practicadas en el Monasterio de Fujian.

Este Monasterio fue incendiado durante la Rebelión de los Boxers, y sus restos fueron descubiertos durante la década de los 80 del siglo pasado. Hasta entonces se desconocía cuál había sido la ubicación del monasterio de Fujian, pues al contrario que el de Henan, éste habría sido totalmente destruido. En un descrubrimiento arqueológico parece haberse encontrado los restos de un monasterio que algunos quieren pensar que podrían pertenecer al Shaolin de Fujian.