De vraag was echter in hoeverre het linkerbeen opnieuw het oude is, want veel spiermassa was verloren gegaan. In de trui van Mapei-Quick Step behaalt Museeuw met een akelig mager linkerbeen hoopgevende resultaten in de semi-klassiekers. Samen met Wilfried Peeters leidt hij Tom Steels in barslechte weersomstandigheden naar winst in Gent-Wevelgem. De kers op de taart is de winst in Dwars Door België. Een overwicht zoals de voorbije jaren kan hij niet demonstreren. Begrijpelijk. Toch haalt hij nog een uitstekende derde plaats in zijn Ronde Van Vlaanderen na de twee uitblinkers Peter Van Petegem en Frank Vandenbroucke. Museeuw is gelukkig als een kind want hij weet dat hij opnieuw zal kunnen meedingen naar de overwinning in zijn wedstrijden. Het eerste jaar na zijn zware val is hij goed voor vier overwinningen.

Johan Museeuw start het nieuwe millennium met de ambitie om opnieuw een klassieker te winnen. Hij begint het voorjaar uitstekend in de Omloop Het Volk, die hij met duidelijk overwicht voor de eerste keer op zijn naam schrijft. Zijn ambitie werd al snel werkelijkheid. Een indrukwekkende solo in winderige omstandigheden levert hem voor de tweede keer de overwinning op in Parijs-Roubaix. Een onvergetelijk moment. Hoe hij wijzend naar zijn uitgestoken linkerbeen de finish overschreed symboliseert zijn overwinning op het noodlot. Een beeld om nooit te vergeten. Gedurende de zomermaanden bereidt Museeuw zich voor op zijn tweede doel: de Olympische Spelen. Maar opnieuw gebeurt er een drama.

Tijdens een familietochtje op de motor wordt Museeuw, met vrouw en kind, aangereden door een wagen. Het verdict is hard kuitbeenbreuk, sleutelbeenbreuk en een gevaarlijke vochtophoping in het hoofd. Museeuw verblijft enkele dagen op intensieve zorgen maar mag uiteindelijk het ziekenhuis verlaten. Voor de tweede keer in twee jaar wacht Museeuw een zware revalidatie. Als mens hoefde hij er niet mee door te gaan, maar de wielrenner Museeuw wil zelf een punt achter zijn carriëre zetten wanneer hij dat wil en niet wanneer het lot daarover beslist. Met deze wil zal Museeuw er weer staan in 2001.