In 1995 wordt GB de cosponsor van het grote Italiaanse Mapei met onder andere Toni Rominger en Abraham Olano. Ook Johan Museeuw maakt na twee jaar GB-MG en 18 overwinningen samen met Patrick Lefevere de overstap naar deze superprofessionele eliteploeg. Er volgt een ijzersterk seizoen met een overtuigende zege in de Ronde Van Vlaanderen en het Kampioenschap Van Zürich. Hij is dan ook de oververdiende laureaat van de wereldbeker. Om maar een idee te geven van zijn uitstekende vorm: Museeuw wint ook de GP Eddy Merkcx, een individuele tijdrit wat nochtans niet zijn specialiteit is. Uiteindelijk heeft Museeuw op het einde van het seizoen 13 overwinningen op zijn conto. In 1996 wint hij voor het eerst Parijs-Roubaix na een heuse ploegdemonstratie. Hij wordt ook opnieuw Belgisch Kampioen. Museeuw kan in het najaar voor de tweede keer de Wereldbeker winnen als hij punten pakt in Parijs-Tours. De wedstrijd draait voor hem op een ontgoocheling uit en even wordt het zelfs voor een geharde sportman als Johan te veel. Hij spreekt voor de camera uit dat dit wel eens de laatste wedstrijd was die hij ooit reed. Iedereen was met verstomming geslagen. Het heeft aan een zijden draadje gehangen of het einde van Museeuw's carrière was op bijna 31-jarige leeftijd een feit. Het was zijn vrouw Veronique die hem liet inzien dit nog niet het moment was om te stoppen, dat hij nog veel te goed was om ermee te kappen.

Parijs-Tours was een explosie van opgekropte gevoelens. Het begin van die depressie lag naar eigen zeggen in de Tour die hij dat jaar reed. Hij had die nooit mogen uitrijden maar onder druk van de ploeg die graag voltallig Parijs wou halen heeft hij toch doorgebeten waardoor hij in niet te beste conditie zijn wereldbekerklassement in het najaar moest verdedigen. Daar kwam dan nog es de vraag van zijn zoontje Gianni bovenop waarom hij met zijn papa niet kon doen wat zijn vriendjes deden. Parijs-Tours betekende voor Johan Museeuw de emotionele ontlading. Een week later stond het WK in Lugano (Zwitserland) op het programma. Het parcours was loodzwaar en in theorie niet geschikt voor Museeuw. 's Woensdags voor het WK maakte hij een trainingstocht met favoriet Laurent Jalabert. Het draaide uit op een 7u30' durende tocht door het Zwitserse gebergte.

Tijdens het WK gaat Museeuw al heel vroeg mee met een grote groep. Er is dan 120 van de 260 km afgelegd. Het is in zijn voordeel dat in zijn groep 3 Zwitser die voor eigen publiek rijden en 2 Italianen aanwezig zijn. Het is onder impuls van hen dat de kopgroep een mooie voorsprong bijeen fietst. De eerste vier uur van de wedstrijd is Museeuw verschrikkelijk voorzichtig met zijn krachten en richt zich uitsluitend op zijn hartslagmeter. Hij rijdt bewust niet in het rood en vat elke beklimming als eerste aan waarna hij zich gedurende de klim laat uitzakken tot hij in de staart van de groep de top bereikt. Op die manier spaart hij heel wat krachten. Reeds de ochtend voor de wedstrijd had Museeuw een goed gevoel. Terwijl zijn normaal gewicht in vorm een 73-74 kg bedraagt, was het die morgen slechts 72 kg. Dat was 1 kg minder die hij moest meedragen over de langen hellingen.

In de voorlaatste ronde plaatst Museeuw een demarrage. Uit de uitgedunde kopgroep komt enkel nog topfavoriet Mauro Gianetti aansluiten. Een belangrijke pion die Museeuw nodig had om uit de greep van het peloton te blijven. Uit het peloton was Andra Tafi ontsnapt. Tafi was een ploegmaat van Museeuw bij Mapei-GB en daar maakte de Gistelnaar handig gebruik van. Door Gianetti erop te wijzen dat zijn ploegmaat Tafi op komst was, wist hij de Zwitser nerveus te maken waardoor deze er alles aan zou doen om niet gegrepen te worden door de Italiaan. De laatste ronde doet Museeuw er nog een schepje bovenop. Telkens een helling werd beklommen speelde Museeuw komedie toen Gianetti omkeek. Door bekken te trekken leek het alsof hij aan het eind van zijn krachten was. De Zwitser was daardoor genoodzaakt om telkens zelf de beklimming voor zijn rekening te nemen. Zo kwam het tot een sprint waarin Museeuw de maat nam van Gianetti en zich tot wereldkampioen kroonde. Topfavoriet Michele Bartoli werd derde voor Axel Merckx die uitstekend werk had geleverd in de achtergrond. Volgens velen was dit WK wellicht de sterkste prestatie uit Johans carriëre. Op zijn 31e verjaardag pakt Museeuw oververdiend en totaal onverwacht de wereldtitel, 6 jaar na wijlen Rudi Dhaenens. Een voorval in de marge van deze heugelijke gebeurtenis: Museeuw zou nog een boete krijgen van de UCI van 500 000 fr omdat hij op het podium een petje van Mapei-GB had opgezet.

Ploegleider Patrick Lefevere stelt dat Museeuw nooit wereldkampioen was geworden zonder Johans ontlading na Parijs-Tours. Niets moest toen nog waardoor Museeuw met een hoofd vrij van zorgen het WK kon aanvatten. En alsof dat nog niet volstaat behaalt hij een week later ook nog zijn tweede wereldbekereindzege. 1996 was het jaar waarin Museeuw zijn sterkste seizoen reed en liet zien dat hij terecht de koning van de eendagswedstrijden/klassiekers mag genoemd worden.

Het derde seizoen bij Mapei-GB begint slecht. Een knieblessure verstoort even de voorbereiding op het voorjaar. Jammergenoeg slaagt Museeuw er niet in in zijn regenboogtrui een klassieke overwinning te behalen. Bijgelovigen leggen de schuld bij de regenboogtrui die de voorgaande jaren de regerende wereldkampioenen weinig moois had opgeleverd. Feit is dat Museeuw ook toen heel wat pech had, getuige daarvan de onfortuinlijke val in de Ronde Van Vlaanderen 1997 waar de fietsen van de onvoorzichtige Bruno Boscardin en de ijzersterke West-Vlaming in elkaar haakten. Niettemin blijft het Mapei-GB-verblijf de sterkste periode uit Museeuws carriëre.